双方合作有协议但是没有单位公章，协议的效力需分情况讨论，具体如下：

1. 如果协议具备其他有效要件，且双方已实际履行，则协议有效：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同（协议）的生效并不完全依赖于是否加盖公章。只要合同（协议）是双方真实意思的表示，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且双方已经实际履行了合同（协议）的主要义务，那么该合同（协议）就是有效的。
   • 例如，双方签订了一份合作协议，虽然未加盖公章，但双方已经按照协议内容进行了合作，并产生了相应的经济效果，那么这份协议就是有效的。

2. 如果协议缺乏其他有效要件，或者双方未实际履行，且无法证明是双方真实意思表示，则协议可能无效或效力待定：

   • 如果协议缺乏必要的条款，如双方当事人的信息、合作内容、权利义务等，或者双方未实际履行协议，且无法证明该协议是双方真实意思的表示，那么该协议可能因缺乏有效要件而被认定为无效或效力待定。
   • 特别是当协议涉及重大利益或法律责任时，公章的加盖往往被视为对协议内容的一种确认和承诺。如果缺乏公章，且无法提供其他证据证明协议的有效性，那么协议可能面临被认定为无效的风险。

3. 特殊情况下，即使未加盖公章，协议也可能因特定行为或事实而被认定为有效：

   • 如果一方在协议上签字，且该签字行为被另一方所接受，或者双方通过其他方式（如电子邮件、短信等）确认了协议的内容，那么该协议也可能被认定为有效。
   • 另外，如果一方已经按照协议内容履行了主要义务，而另一方也接受了这种履行，那么根据《民法典》的相关规定，该协议也可以被视为有效。

法律建议：

• 在签订合作协议时，建议双方尽量加盖公章或合同专用章，以增加协议的法律效力和可证明性。
• 如果确实无法加盖公章，双方可以通过其他方式确认协议的内容，如签字、盖章（个人章）、电子邮件确认等，并保留好相关证据。
• 在履行协议过程中，双方应严格按照协议内容履行义务，并保留好履行义务的证据，以备不时之需。

可能后果：

• 如果协议被认定为无效或效力待定，双方可能无法依据协议内容主张权利或承担义务，导致合作受阻或产生纠纷。
• 在极端情况下，如果因协议无效或效力待定而导致一方遭受损失，该方可能无法向另一方追偿或要求赔偿。

因此，在签订合作协议时，双方应谨慎对待公章的加盖问题，并尽量确保协议具备所有有效要件。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。