结论：职工因病致残后，厂里继续交社保并发放生活费，但将残疾证留在厂里的做法是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 关于社保缴纳和生活费发放
   根据《社会保险法》和《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，职工因病致残后，若处于医疗期内或符合病退条件，企业有义务继续为其缴纳社保（包括养老保险、医疗保险等），并按照规定发放病假工资或生活费（通常不低于当地最低工资标准的80%）。这一部分厂里的做法是合法的，体现了对职工基本权益的保障。

2. 关于残疾证的管理
   残疾证是职工个人身份和残疾等级的法定证明文件，属于职工个人隐私和财产的一部分。根据《残疾人保障法》和《个人信息保护法》，残疾证应由职工本人保管，企业无权强制扣留或保管。

   • 若厂里以“方便办理相关手续”为由要求保管残疾证：这种做法缺乏法律依据，可能侵犯职工的个人信息权益和财产权。职工有权拒绝，并要求厂里返还残疾证。
     
   • 若职工自愿将残疾证交厂里保管：需签订书面协议，明确保管期限、用途及责任，避免后续纠纷。但即便如此，企业也应谨慎处理，避免泄露职工隐私或滥用证件。

3. 潜在风险与建议

   • 对职工：残疾证被厂里保管可能导致信息泄露或被用于不当用途（如冒领补贴、规避用工责任等）。建议职工妥善保管残疾证，若厂里坚持要求，可向当地劳动监察部门投诉或寻求法律帮助。
     
   • 对厂里：强制保管残疾证可能面临法律风险，如被认定为侵犯职工权益，需承担赔偿责任。建议厂里通过合法途径（如协助职工办理相关手续）提供支持，而非扣留证件。

总结：厂里继续交社保和发放生活费是合法的，但强制保管残疾证不合法。职工应维护自身权益，厂里也应遵守法律规定，避免不必要的纠纷。如有进一步疑问，可直接向我咨询。