结论：农产品发票已开、货已发但存在欠款的情况，其合法性需结合具体情形判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、从合同履行角度分析

在买卖合同中，出卖人（即农产品销售方）的主要义务是交付符合合同约定的货物，并开具相应的发票；买受人（即购买方）的主要义务则是支付货款。若出卖人已按照合同约定交付了农产品，并开具了发票，那么其已经履行了合同中的主要义务。此时，若买受人未按照合同约定支付货款，则构成违约。

法律依据：

• 根据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”

二、从发票管理角度分析

发票是交易双方经济往来的重要凭证，也是税务机关进行税务管理的重要依据。出卖人开具发票是其法定义务，但开具发票并不意味着买受人必须立即支付货款。货款的支付时间通常由合同双方约定，若合同中有明确约定支付时间，买受人应在约定时间内支付；若合同未约定或约定不明确，则买受人应在收到货物或发票后的合理时间内支付。

特殊情形：

• 若出卖人开具的发票存在瑕疵（如发票内容与实际交易不符、发票未加盖公章等），买受人有权要求出卖人重新开具或拒绝支付货款，直至问题得到解决。但这一情形并不改变买受人最终应支付货款的义务，只是可能影响货款支付的时间或方式。

三、从欠款合法性角度分析

欠款本身并不违法，但欠款不还则可能构成违约或违法。若买受人因资金周转困难等原因暂时无法支付货款，且已与出卖人达成延期支付的协议，那么这种欠款是合法的。但若买受人无正当理由拒绝支付货款，或恶意拖欠货款，则构成违约，出卖人有权要求其支付货款及可能产生的违约金或利息。

法律建议：

1. 对于出卖人：

   • 确保合同条款明确，特别是关于货款支付时间、方式及违约责任等条款。
   • 在交付货物和开具发票后，及时与买受人确认货款支付情况。
   • 若买受人拖欠货款，及时发送催款通知，并保留好相关证据（如合同、发票、催款记录等）。
   • 若买受人仍不支付货款，可考虑通过法律途径解决纠纷，如起诉或申请仲裁。

2. 对于买受人：

   • 遵守合同约定，按时支付货款。
   • 若因特殊原因无法按时支付货款，及时与出卖人沟通并达成延期支付的协议。
   • 避免恶意拖欠货款，以免承担违约责任或面临法律诉讼。

总结：农产品发票已开、货已发但存在欠款的情况，其合法性取决于合同履行情况、发票管理情况以及欠款的具体原因。若出卖人已履行合同义务而买受人未支付货款，则买受人构成违约；若双方存在合法有效的延期支付协议或买受人因特殊原因暂时无法支付货款，则欠款可能是合法的。在任何情况下，都建议双方通过友好协商解决纠纷，若协商无果，可寻求法律途径解决。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。