结论：在劳动关系复杂，劳动者离职之后两个多月才知道用工主体存在的情况下，仲裁时效的确定需结合具体情况分析，但一般而言，仲裁时效期间从劳动者知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。以下是对此问题的详细分析：
一、仲裁时效的基本规定
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。这是确定仲裁时效的基本原则。
二、特殊情况下的仲裁时效计算
劳动关系存续期间：在劳动关系存续期间，如果因拖欠劳动报酬发生争议，劳动者申请仲裁不受一年仲裁时效期间的限制。但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。这一规定主要保护劳动者在劳动关系存续期间因工资等劳动报酬问题产生的争议。
不知用工主体存在的情况：在您所描述的情况下，劳动者在离职后两个多月才知道用工主体的存在。这通常意味着劳动者在离职时可能并不清楚自己的权利受到了侵害，或者不清楚具体的侵害方是谁。根据仲裁时效的基本原则，仲裁时效期间应从劳动者知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，在这种情况下，仲裁时效的起算点应为劳动者知道用工主体存在且其权利可能受到侵害之日。
三、实际操作中的建议
及时收集证据：一旦劳动者意识到自己的权利可能受到侵害，应尽快收集相关证据，如劳动合同、工资单、工作证等，以证明自己与用工主体之间存在劳动关系以及权利受到侵害的事实。
咨询专业律师：由于劳动纠纷涉及的法律问题较为复杂，且每个案件的具体情况都有所不同，因此建议劳动者在发现自己的权利可能受到侵害时，及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务以及可能的法律后果。
及时申请仲裁：在收集到足够证据并咨询专业律师后，劳动者应及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。如果超过仲裁时效期间申请仲裁，可能会面临仲裁委员会不予受理的风险。
四、可能的法律后果
如果劳动者未能在知道或应当知道其权利被侵害之日起一年内申请仲裁，且无法证明存在时效中断或中止的情形，那么其仲裁请求可能会因超过仲裁时效期间而被驳回。因此，劳动者应密切关注自己的权利状况，及时行使自己的权利。
总结：在劳动关系复杂且劳动者离职后才知道用工主体存在的情况下，仲裁时效的确定需结合具体情况分析。但无论如何，劳动者都应及时收集证据、咨询专业律师并在知道或应当知道其权利被侵害之日起一年内申请仲裁，以维护自己的合法权益。如果您有任何进一步的疑问或需要法律帮助，请随时向我咨询。