员工深造期间并不算自动离职。这一结论主要基于以下几点法律分析和实际情况考量：

1. 自动离职的法定条件：

   • 自动离职通常指的是员工在未与用人单位协商一致，也未按照法定程序提前通知的情况下，擅自离开工作岗位的行为。这种行为往往违反了劳动合同的约定或用人单位的规章制度。
   • 员工深造期间，如果已经与用人单位就深造事宜进行了协商，并获得了用人单位的同意或批准，那么这种深造行为并不构成自动离职。因为此时员工并没有擅自离开工作岗位，而是按照双方的约定或用人单位的安排进行学习或培训。

2. 深造期间的劳动关系处理：

   • 在员工深造期间，用人单位与员工之间的劳动关系仍然存在。用人单位可能需要与员工签订相关的培训协议或学习协议，明确双方的权利和义务，包括深造期间的工资待遇、学习成果的归属、服务期等。
   • 如果员工深造是用人单位为了提升员工能力而安排的，那么用人单位通常会承担一定的费用，并期望员工在深造后继续为用人单位服务。这种情况下，员工深造期间更不可能被视为自动离职。

3. 可能的法律后果：

   • 如果员工未经用人单位同意擅自深造并离开工作岗位，那么用人单位有权根据劳动合同的约定或用人单位的规章制度，对员工进行处理，包括解除劳动合同、要求员工承担违约责任等。
   • 但如果员工深造是经过用人单位同意或批准的，那么用人单位就不能以员工深造为由解除劳动合同或要求员工承担违约责任。否则，用人单位可能构成违法解除劳动合同，需要承担相应的法律责任。

建议：

• 对于员工而言，在决定深造前，最好与用人单位进行充分沟通，明确深造期间的劳动关系处理、工资待遇、学习成果归属等问题，并签订相关的协议或合同，以避免后续产生纠纷。
• 对于用人单位而言，如果希望员工深造后继续为用人单位服务，可以在培训协议或学习协议中明确服务期和违约责任等条款，以保障用人单位的合法权益。

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