如果发现厂里员工拿回扣，企业应当立即采取以下措施，以维护自身合法权益并避免法律风险：

1. 内部调查与证据固定

   • 初步核实：通过财务审计、业务记录比对、供应商或客户反馈等途径，确认是否存在回扣行为及具体金额、涉及人员。
     
   • 证据收集：保留转账记录、聊天记录、合同条款、证人证言等关键证据，确保证据链完整（如录音需合法取得，书面材料需有签字或盖章）。
     
   • 注意程序合法性：调查过程中避免侵犯员工隐私（如非法搜查、窃听），否则可能引发员工主张侵权或违法解除的纠纷。

2. 依据规章制度处理

   • 检查内部规定：确认企业《员工手册》《廉洁协议》等文件中是否明确禁止回扣行为，并规定相应处罚（如解除劳动合同、追偿损失）。
     
   • 依法处理：若证据充分且制度合规，可依据《劳动合同法》第39条，以“严重违反用人单位规章制度”为由解除劳动合同，无需支付经济补偿。
     
   • 追偿损失：若回扣导致企业经济损失（如高价采购），可要求员工赔偿，并通过民事诉讼主张权利。

3. 刑事报案与法律追责

   • 构成犯罪的情形：若回扣金额较大（通常个人受贿6万元以上、单位受贿20万元以上），可能涉嫌《刑法》中的非国家工作人员受贿罪或对非国家工作人员行贿罪。
     
   • 报案流程：向公安机关经侦部门提交证据材料，配合调查。刑事立案后，企业可作为被害人参与诉讼，追缴赃款并主张附带民事赔偿。
     
   • 注意时效：刑事追诉期为5-10年，需及时行动。

4. 完善合规体系预防风险

   • 制度优化：明确采购、财务等关键岗位的廉洁条款，建立供应商黑名单制度，定期审计。
     
   • 培训与监督：开展反商业贿赂培训，设立举报渠道（如匿名邮箱），对高风险业务环节加强监控。
     
   • 合同约束：在合作协议中增加反贿赂条款，要求供应商承诺不向员工行贿，否则承担违约责任。

温馨提示：处理回扣问题需平衡“快速止损”与“程序合法”，避免因操作不当引发劳动纠纷或证据无效。若涉及复杂案件（如跨地区、金额巨大），建议进一步梳理证据后向我咨询具体方案。