企业负责人被留置后，其手机通常会被监察机关依法扣押，作为调查相关违法犯罪行为的证据，手机内的数据也会被提取和分析。具体处理方式如下：
扣押程序：
- 根据《中华人民共和国监察法》第二十五条的规定，监察机关在调查过程中，可以依法采取扣押措施，对涉嫌违法犯罪行为的财物、文件和电子数据等进行查封、扣押。因此，企业负责人的手机作为可能包含与案件相关信息的电子设备，会被监察机关依法扣押。
- 扣押时，监察机关会出具扣押通知书，并由被调查人或者其家属等签字确认。如果被调查人或者其家属拒绝签字，或者无法找到被调查人及其家属的，监察人员会在扣押通知书上注明情况，并由在场人员签字见证。
数据处理：
- 扣押手机后，监察机关会对其中的数据进行提取和分析，以查找与案件相关的证据。这包括但不限于通话记录、短信、微信聊天记录、电子邮件、照片、视频等。
- 在处理手机数据时，监察机关会遵循严格的程序和规定，确保数据的完整性和安全性。同时，他们也会注意保护被调查人的隐私权和其他合法权益，避免泄露无关信息。
后续处理：
- 如果手机中的数据被证实与案件相关，且构成违法犯罪的证据，那么这些数据将被作为定案的依据之一。
- 如果手机中的数据与案件无关，或者经过调查后证实被调查人没有违法犯罪行为，那么监察机关会依法解除扣押，并将手机返还给被调查人或者其家属。
- 在返还手机时，监察机关会确保手机中的数据没有被篡改或删除，以维护被调查人的合法权益。
建议：
- 对于企业负责人而言，如果被留置并面临手机被扣押的情况，应积极配合监察机关的调查工作，如实说明情况，并提供相关证据和线索。
- 同时，企业负责人也可以委托律师作为其法律顾问，协助其处理与留置和手机扣押相关的事宜，维护其合法权益。
- 在整个过程中，企业负责人应保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语，以免对案件的调查和处理产生不利影响。