外资企业总经理职务侵占90万元，已涉嫌职务侵占罪，需承担刑事责任，同时可能面临民事赔偿及企业内部处分。具体处理需结合证据、情节及企业制度综合判断。

一、刑事责任层面

1. 罪名认定
   根据《刑法》第271条，职务侵占罪指公司、企业或其他单位人员利用职务便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。外资企业总经理作为管理人员，若利用职务便利侵占90万元，符合该罪构成要件。

2. 量刑标准

   • 数额标准：根据司法解释，职务侵占罪“数额较大”为6万元以上，“数额巨大”为100万元以上。90万元属于“数额巨大”区间，但需注意：
     
     • 若案件发生在2022年5月15日前（旧司法解释），90万元可能被认定为“数额巨大”，基准刑为3年以上10年以下有期徒刑；
       
     • 若发生在之后（新司法解释），90万元可能被认定为“数额较大”，基准刑为3年以下有期徒刑或拘役，但若存在“数额巨大不退还”等情节，仍可能升格处罚。
       
   • 量刑情节：自首、立功、退赃退赔、认罪认罚等可从轻或减轻处罚；若存在多次侵占、造成企业重大损失等情节，可能从重处罚。
     

3. 程序流程

   • 报案与立案：企业可向公安机关经侦部门报案，提交财务凭证、合同、转账记录等证据，公安机关审查后决定是否立案。
     
   • 侦查与起诉：立案后，公安机关侦查取证，移送检察院审查起诉；检察院可决定起诉或不起诉（如证据不足、情节轻微）。
     
   • 审判与执行：法院审理后作出判决，若认定有罪，被告人需服刑并缴纳罚金；若不服判决，可上诉或申诉。
     

二、民事赔偿层面

1. 企业追偿权
   根据《民法典》第1165条，总经理的行为构成侵权，企业有权要求其返还侵占的90万元及利息，并赔偿因侵占导致的直接损失（如资金占用损失、经营损失等）。

2. 赔偿程序

   • 刑事附带民事诉讼：在刑事案件审理中，企业可提起附带民事诉讼，要求赔偿经济损失。
     
   • 单独民事诉讼：若刑事案件未处理民事赔偿，企业可单独向法院起诉，主张返还财产及赔偿损失。
     

三、企业内部处理层面

1. 解除劳动合同
   根据《劳动合同法》第39条，员工严重违反用人单位规章制度或被依法追究刑事责任的，企业可单方解除劳动合同且无需支付经济补偿。

2. 内部追责
   企业可依据内部规章制度（如《员工手册》《反腐败政策》）对总经理进行处分，如警告、记过、开除等，并公示处理结果以维护管理秩序。

四、实务建议

1. 证据固定：企业应立即封存相关财务资料、合同、沟通记录等，避免证据灭失；必要时可委托会计师事务所进行专项审计。
   
2. 报案时机：若证据充分，建议尽快报案以启动刑事程序；若证据不足，可先通过内部调查补充证据，再决定是否报案。
   
3. 协商退赔：在报案前或过程中，可尝试与总经理协商退赔，以降低企业损失并争取从宽处理（如取得谅解书）。
   
4. 合规整改：案件处理后，企业应完善内部控制制度（如审批流程、财务监督），防止类似事件再次发生。
   

如有进一步证据或情节需要分析，可直接向我咨询，我将结合具体细节提供更精准的建议。