结论：中介在发放工资时，一般不能随意扣除两个月借支的工资，除非有明确的合同约定或法律规定支持这种扣除行为。
分析：
合同约定角度：
- 如果劳动者与中介或用人单位之间有明确的劳动合同或协议，且该合同或协议中明确规定了借支工资的扣除方式和条件，那么中介在发放工资时，可以按照合同或协议的约定进行扣除。但这种扣除必须合理，且不能违反法律法规的强制性规定。
- 若合同或协议中未明确规定借支工资的扣除方式，或者规定的内容违反了法律法规的强制性规定，那么中介无权随意扣除借支工资。
法律规定角度：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，劳动者享有获得劳动报酬的权利，用人单位或中介应当按时足额支付劳动者的工资。
- 如果中介以借支为由，在发放工资时扣除两个月借支的工资，且没有合理的理由和法律依据，这种行为可能构成违法。劳动者有权向劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
实际操作角度：
- 在实际操作中，如果中介确实需要扣除借支工资，应当与劳动者进行充分沟通，并确保扣除的金额和方式符合合同约定和法律规定。
- 劳动者在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付和借支扣除的部分，以确保自己的权益不受侵害。
建议：
- 如果您遇到了中介在发放工资时扣除两个月借支工资的情况，首先应当查看自己的劳动合同或协议，了解其中关于借支工资扣除的约定。
- 如果合同或协议中没有明确规定，或者规定的内容违反了法律法规的强制性规定，您可以与中介进行协商，要求其按照法律规定和合同约定支付工资。
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过法律途径（如申请劳动仲裁、提起诉讼等）维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果中介的行为构成违法，劳动监察部门有权对其进行处罚，并要求其支付拖欠的工资和赔偿金。
- 如果劳动者通过法律途径维护自己的权益，且法院认定中介的行为违法，那么中介可能需要承担法律责任，包括支付拖欠的工资、赔偿金以及可能的诉讼费用等。