劳动合同一式两份并不应都存放在单位，而是应由用人单位和劳动者各执一份。这一规定是基于《中华人民共和国劳动合同法》的明确要求，旨在保障双方的合法权益，确保合同内容的真实性和有效性。
法律规定与重要性
根据《中华人民共和国劳动合同法》第十六条的规定，劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经双方在劳动合同文本上签字或者盖章后生效。同时，劳动合同文本应由用人单位和劳动者各执一份。这一规定具有深远的意义：
保障劳动者权益：劳动者持有劳动合同，可以在自身权益受到侵害时（如拖欠工资、随意变更工作岗位、未依法缴纳社会保险等）作为重要的书面证据，用于维护自己的合法权益。同时，劳动者可以随时查阅合同条款，明确自己的权利和义务，避免在劳动关系中出现信息不对称或误解的情况。
规范用人单位管理：用人单位留存劳动合同，有助于规范员工管理，确保双方按照合同约定履行各自义务。在处理劳动纠纷时，劳动合同作为法律依据，可以为用人单位提供有力的支持。
存在的问题及风险
如果劳动合同一式两份都存放在单位，可能会带来以下问题和风险：
劳动者权益难以保障：劳动者在需要查阅合同条款以维护自身权益时会面临困难，无法及时准确地依据合同内容主张权利。
用人单位可能擅自修改合同：公司单方面持有两份合同存在擅自修改的风险，尽管法律上规定合同的修改需双方协商一致，但在缺乏监督的情况下，用人单位可能会出于自身利益对合同进行不利于劳动者的修改。
合同丢失或损毁的风险：仅有一份合同的情况下，一旦丢失或损毁，将给双方带来不必要的纠纷和麻烦。而一式两份则可以有效降低这种风险。
解决措施与建议
针对上述问题，以下是一些解决措施和建议：
与用人单位协商：劳动者应首先尝试与用人单位友好协商，要求公司提供属于自己的那份劳动合同。通过沟通让用人单位认识到其行为的违法性，并及时纠正。
向劳动监察部门投诉：若协商不成，劳动者可向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行监督检查和处理。投诉时，劳动者应准备好相关证据材料，如工资条、工作证、考勤记录等，以证明自己与用人单位的劳动关系。
申请劳动仲裁或提起诉讼：在劳动监察部门无法解决问题的情况下，劳动者可通过申请劳动仲裁或向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。在仲裁或诉讼过程中，劳动者可以要求用人单位提供劳动合同文本，并主张因未交付劳动合同文本而造成的损失。
额外提醒
此外，用人单位在保管劳动合同时也应注意以下几点，以避免不必要的纠纷：
综上所述，劳动合同一式两份各执一份是法律规定的基本要求，旨在保障双方的合法权益。如果用人单位未按规定向劳动者提供劳动合同文本，劳动者有权采取相应措施维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。