工厂长期上夜班是否违法，需根据具体情况及法律法规进行综合判断。以下是对此问题的全面分析：
合法情况
劳动合同或规章制度约定：
- 如果劳动合同中明确约定了工作时间包括夜班，或者工厂的规章制度中规定了夜班工作制度，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么工厂要求员工长期上夜班是合法的。员工有义务服从工厂的合理安排。
依法协商并支付加班费：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间。如果工厂因生产经营需要安排夜班，且已与员工协商并依法支付加班费，同时保障员工的身体健康，那么这种安排是合法的。加班费的具体标准为：平时加班支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日安排工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬；法定休假日安排工作的，支付不低于工资的300%的工资报酬。
特殊行业或岗位需求：
- 对于某些特殊行业或岗位，如医疗、能源供应、交通运输等，因行业性质决定需要不间断运营，安排夜班只要满足法律规定的工时及劳动保护要求也是合法的。
违法情况
未经协商强制要求：
- 如果工厂未经与员工协商，单方面强制要求上夜班，违反了《中华人民共和国劳动合同法》第三十一条和《中华人民共和国劳动法》的相关规定，即“用人单位不得强迫或者变相强迫劳动者加班”，构成违法行为。
未按规定支付加班工资：
- 如果夜班属于延长工作时间或在法定休假日工作，工厂未按法律规定支付相应的加班工资，即构成违法。员工有权要求工厂支付应得的加班费。
未保障劳动者权益：
- 工厂未为上夜班的员工提供必要的劳动保护和劳动条件，如符合安全标准的工作环境、必要的防护用品等，影响员工身体健康，属于违法行为。员工有权拒绝在这种环境下工作，并可以向相关部门投诉。
违反特殊群体保护规定：
- 如果工厂安排女职工在经期、孕期、哺乳期等特殊时期上夜班，或者安排未成年工上夜班，违反了相关法律对特殊群体的保护规定，也构成违法。
超过法定加班时限：
- 即使因生产经营需要安排夜班工作，也必须遵守每日工作时间不超过一小时（特殊情况下不超过三小时，且每月不超过三十六小时）的规定。如果工厂安排的夜班工作时间超过了这个时限，就属于违法行为。
劳动者的权益与救济途径
- 拒绝权：员工有权拒绝工厂的强制加班要求，特别是当这种要求违反法律法规或劳动合同约定时。
- 举报与投诉：如果工厂强制要求上夜班且构成违法，员工可以向当地劳动监察部门举报或投诉。劳动监察部门将依法进行调查处理，并保护员工的合法权益。
- 仲裁与诉讼：如果员工对劳动监察部门的处理结果不满意，或者工厂拒绝改正违法行为，员工可以通过劳动争议仲裁委员会申请仲裁，甚至向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
总结来说，工厂长期上夜班是否违法，取决于是否遵守了相关法律法规、是否保障了劳动者的权益以及是否经过了合理的协商。如果工厂违反了这些规定，员工有权采取相应措施维护自身权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。