工程结算后形成的付款协议，在管辖问题上，一般不再适用专属管辖，而是适用合同管辖的一般原则。以下是对这一问题的详细分析：
一、专属管辖的适用范围
专属管辖是法律强制规定某些案件必须由特定法院管辖，其他法院无权管辖，当事人也不得协议变更的管辖制度。在建设工程领域，专属管辖通常与不动产相关，如因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。然而，工程结算后形成的付款协议，其本质是双方就工程款项的支付达成的合意，并不直接涉及不动产的权属或使用等问题，因此一般不属于专属管辖的范畴。
二、合同管辖的一般原则
对于工程结算后形成的付款协议，其管辖问题应适用合同管辖的一般原则。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。因此，如果付款协议中明确约定了管辖法院，且该约定不违反法律强制性规定，那么双方应按照约定履行。
三、可能存在的例外情况
尽管工程结算后形成的付款协议一般不适用专属管辖，但也存在一些例外情况。例如，如果付款协议与建设工程合同本身存在紧密的关联，且涉及工程的质量、工期等核心问题，那么在某些特定情境下，法院可能会认为该付款协议仍属于建设工程合同的一部分，从而适用专属管辖。然而，这种情况相对较少见，且需要具体案件具体分析。
四、法律建议
明确约定管辖法院：为了避免管辖争议，建议在工程结算后形成的付款协议中明确约定管辖法院。这样可以在发生纠纷时，直接按照约定向有管辖权的法院提起诉讼，提高诉讼效率。
注意协议内容的合法性：在约定管辖法院时，应确保该约定不违反法律的强制性规定，如不得违反级别管辖和专属管辖的规定。否则，该约定可能被认定为无效。
及时咨询专业律师：如果对于管辖问题存在疑问或不确定，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议，帮助当事人更好地维护自己的合法权益。
综上所述，工程结算后形成的付款协议在管辖问题上一般不适用专属管辖，而是适用合同管辖的一般原则。双方可以在协议中明确约定管辖法院，但应注意协议内容的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。