结论：因建设工程施工合同工程款由第三人履行产生的纠纷，在一般情况下仍适用专属管辖，即由建设工程所在地人民法院管辖。但若合同中存在有效的协议管辖约定，且不违反级别管辖和专属管辖的规定，则可能按照协议管辖确定管辖法院。

详细分析：

1. 专属管辖的适用：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条的规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院专属管辖。建设工程施工合同纠纷，作为与不动产紧密相关的纠纷类型，通常被视为不动产纠纷的一种，因此适用专属管辖原则。
   • 专属管辖的设定，主要是考虑到建设工程的特殊性，如工程地点固定、施工周期长、涉及大量的实地勘查和鉴定工作等。由建设工程所在地的人民法院进行管辖，能够更方便地进行现场勘查、鉴定、保全等工作，有利于案件审理过程中相关证据的收集和事实的查明。

2. 协议管辖的例外：

   • 尽管建设工程施工合同纠纷通常适用专属管辖，但根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条的规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。
   • 因此，如果建设工程施工合同的当事人在合同中明确约定了管辖法院，且该约定不违反法律关于级别管辖和专属管辖的规定，那么在发生纠纷时，应优先按照协议管辖的约定确定管辖法院。这一例外情况体现了对当事人意思自治的尊重，也符合合同自由的原则。

3. 第三人履行情况下的管辖：

   • 在建设工程施工合同中，如果工程款由第三人履行，这并不改变合同纠纷的本质。即，无论工程款是由合同当事人直接支付还是由第三人代为支付，只要纠纷涉及建设工程施工合同的履行、解释或终止等方面，就仍然属于建设工程施工合同纠纷的范畴。
   • 因此，在第三人履行工程款的情况下，如果合同中没有有效的协议管辖约定，那么纠纷仍然适用专属管辖原则，由建设工程所在地人民法院管辖。

建议与注意事项：

• 在签订建设工程施工合同时，当事人应充分考虑管辖问题，并根据实际情况和需求在合同中作出明确约定。这有助于减少未来可能发生的管辖争议，提高司法效率。
• 如果合同中存在协议管辖约定，当事人应确保该约定不违反法律关于级别管辖和专属管辖的规定。否则，该约定可能被视为无效，导致纠纷仍然适用专属管辖原则。
• 在处理建设工程施工合同纠纷时，当事人应及时了解相关法律规定和司法实践动态，以便更好地维护自身合法权益。

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