工伤休息期间，全勤奖一般不应被扣除，但具体还需根据劳动合同、集体合同或企业规章制度的合法约定来判断。以下是从不同角度的详细分析：

一、法律规定层面

根据《工伤保险条例》第三十三条的明确规定，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需暂停工作接受医疗的，在停工留薪期内，其原工资福利待遇应保持不变，并由所在单位按月支付。这一规定确保了工伤职工在经济上的基本保障，不因工伤而遭受额外的经济损失。全勤奖作为与出勤挂钩的一种奖励，理应被视为原工资福利待遇的一部分。工伤是由于工作原因导致的，职工在此期间的缺勤并非出于个人过错或故意，因此单位不应以此为由扣除全勤奖。

二、公司规章制度层面

尽管法律规定了工伤期间的待遇原则，但实际操作中还需考虑公司的具体规章制度。若公司规章制度明确规定全勤奖严格依据实际出勤天数发放，且该制度经过民主程序制定、内容合法并已向员工公示，则公司在工伤期间可能会依据此规定扣除全勤奖。然而，这种扣除可能引发争议，因为工伤停工是法律赋予的权利，严格扣除可能与《工伤保险条例》的立法精神相悖。在这种情况下，我建议：

1. 查阅公司规定：首先，员工应仔细查阅所在公司的相关规章制度或劳动合同，了解全勤奖的具体发放条件及工伤期间的待遇规定。
2. 与公司协商：如对公司规定有疑问或认为不合理，建议与员工部门或人力资源部门进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。

三、实际操作建议

1. 保留证据：在工伤期间，员工应保留好相关的医疗证明、工伤认定书等文件，以备不时之需。
2. 了解权益：员工应了解自己的合法权益，包括在工伤期间应享受的工资福利待遇等。
3. 及时沟通：如遇到公司扣除全勤奖等不合理情况，员工应及时与公司沟通，表达自己的诉求和理由。
4. 寻求法律帮助：若协商无果，员工可以依法通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自己的合法权益。在这个过程中，我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。

四、特殊情况处理

值得注意的是，有些公司出于人道主义关怀和员工福利的考虑，可能会在工伤期间继续发放全勤奖或其他形式的补贴。这种情况下，员工应珍惜并感激公司的关怀，同时遵守公司的相关规定。

总结来说，工伤休息期间全勤奖的扣除与否并非一概而论，而是需综合考虑法律法规、公司规章制度及实际情况。在处理此类问题时，我建议你保持理性、公正的态度，通过合法途径维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。