当发现公司房产被非法侵占时，这确实是一个需要迅速且妥善处理的问题。为了有效维护公司的合法权益，以下是一系列全面而有序的应对策略，供您参考：
一、紧急响应与内部调查
立即启动紧急调查：
- 组织公司的财务、审计、法务等相关部门，迅速开展内部调查工作。
- 明确房产被侵占的具体情况，包括侵占的时间、方式、涉及的人员或外部实体等。
全面收集证据：
- 收集与房产相关的所有文件，如房产证、租赁合同、交易记录等。
- 搜集侵占行为的证据，如监控录像、照片、证人证言、电子邮件、聊天记录等。
- 确保所有证据的真实性和完整性，特别是电子数据证据，应及时备份并进行公证。
二、确定侵占主体与性质
准确识别侵占主体：
- 根据调查结果，确定是公司内部员工还是外部合作伙伴或第三方实施了侵占行为。
评估侵占行为的性质：
- 判断侵占行为是否构成犯罪，如职务侵占罪、非法侵入住宅罪等。
- 如果侵占行为不构成犯罪，但造成了经济损失，也应考虑通过民事诉讼途径追究责任。
三、依法采取法律措施
尝试协商解决：
- 在证据确凿的基础上，首先尝试与侵占方进行沟通协商。
- 明确要求侵占方返还房产，并承担因侵占行为造成的所有损失。
- 协商过程需保留完整记录，以备后续法律行动之需。
向公安机关报案：
- 如果协商无果，且侵占行为涉嫌犯罪，应立即向有管辖权的公安机关报案。
- 提交详细的报案材料，包括证据清单、侵占行为描述、损失评估等。
- 配合公安机关的调查工作，提供必要的协助和支持。
提起民事诉讼：
- 对于不构成犯罪但造成经济损失的侵占行为，公司可以通过民事诉讼途径要求侵占方赔偿损失。
- 准备充分的证据材料，并按照法院的要求提交起诉状及相关文件。
- 积极参与诉讼过程，争取有利判决，并确保判决得到有效执行。
四、加强内部管理与预防
完善公司制度：
- 修订和完善公司的财务制度、内部控制制度等，确保管理漏洞得到及时堵塞。
- 加强对房产等重要资产的管理和监控，防止类似事件再次发生。
提高法律意识：
- 定期开展法律培训活动，增强员工的法制观念和风险防范意识。
- 确保员工了解并遵守相关法律法规和公司规章制度。
建立审计机制：
- 建立健全的内部审计机制，定期对公司财务状况和资产状况进行审计。
- 及时发现并纠正问题，确保公司资产的安全和完整。
五、寻求专业法律支持
在整个处理过程中，建议公司寻求专业律师的法律支持。律师可以提供专业的法律意见和指导，确保公司的行动合法有效。同时，律师还可以协助公司准备法律文件、参与协商和诉讼等法律活动，最大限度地维护公司的合法权益。
总之，面对公司房产被非法侵占的严峻情况，公司应迅速响应并采取综合措施保护自身权益。通过内部调查与证据收集、确定侵占主体与性质、依法采取法律措施、加强内部管理与预防以及寻求专业法律支持等步骤，公司可以有效地应对这一问题并维护自身的合法权益。