施工单位在结算时拿出没有被扣人的扣款单，这一行为是否合法，需要分情况讨论：
如果扣款单未经被扣人确认或同意：
- 不合法性：在劳动工伤或工程结算的语境下，扣款通常应当基于双方事先的约定或合同条款，并且需要得到被扣人的确认或同意。如果施工单位单方面拿出没有被扣人确认的扣款单，并试图从结算款中扣除相应金额，这一行为可能构成对被扣人权益的侵害，因此是不合法的。
- 法律后果：被扣人有权拒绝接受这样的扣款，并可以要求施工单位按照实际完成的工作量或合同约定的金额进行结算。如果施工单位坚持扣款，被扣人可以通过法律途径维护自己的权益，如提起劳动仲裁或诉讼。
如果扣款单虽未经被扣人签字，但存在其他合法依据：
- 合法性探讨：在某些特殊情况下，即使扣款单未经被扣人签字，但如果施工单位能够提供其他合法依据来证明扣款的合理性，如被扣人确实存在违约行为、造成损失等，并且这些依据符合法律法规或合同条款的规定，那么这样的扣款可能是合法的。不过，这种情况较为少见，且需要施工单位承担较重的举证责任。
- 建议操作：即使存在这样的合法依据，施工单位也应当尽量与被扣人进行沟通协商，争取达成一致意见后再进行扣款。如果无法协商一致，建议通过法律途径解决争议，以避免不必要的法律风险。
关于扣款单的合法性要件：
- 一般原则：一份合法的扣款单应当包含被扣人的基本信息、扣款的原因、金额、时间等关键要素，并且需要得到被扣人的确认或同意。这是保障被扣人知情权、参与权和申诉权的重要体现。
- 特殊情况：在某些紧急情况下，如被扣人存在严重违约行为且可能给施工单位造成重大损失时，施工单位可能需要在未得到被扣人确认的情况下先进行扣款。但即便如此，施工单位也应当在事后尽快与被扣人进行沟通协商，并补办相关手续。
针对你的情况，我给出以下建议：
- 如果你作为被扣人，对施工单位拿出的扣款单存在异议，首先应当与施工单位进行沟通协商，要求其提供扣款的合法依据和详细计算过程。
- 如果协商无果，你可以考虑向当地的劳动仲裁机构或法院提起仲裁或诉讼，以维护自己的合法权益。
- 在整个过程中，建议你保留好相关证据材料，如合同、工作记录、沟通记录等，以便在需要时提供证明。
最后，需要强调的是，劳动工伤和工程结算领域的法律问题往往比较复杂且涉及多方利益。如果你在这方面遇到任何疑问或困惑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。