结论：公司让人力资源代缴纳社保本身是合法的，但需满足特定条件并履行相应义务；若未按规定操作则可能违法。以下是具体分析：

1. 合法性前提：代缴行为需基于真实劳动关系
   根据《社会保险法》第五十八条，用人单位必须自用工之日起30日内为员工办理社保登记并缴纳社保费。若人力资源部门作为公司内设机构，仅代表公司履行法定义务（如办理手续、汇总申报等），且社保费用实际由公司承担，则属于合法操作。
   关键点：代缴行为必须以公司名义进行，且员工与公司存在真实劳动关系，不得虚构劳动关系或通过第三方机构代缴（后者可能涉嫌骗保）。

2. 违法风险：未履行法定义务的情形

   • 未及时缴纳：若公司委托人力资源部门代缴，但未按时足额缴纳社保费（如拖欠、少缴），则违反《社会保险法》第六十条，可能面临补缴、滞纳金及罚款（罚款金额为欠缴数额1-3倍）。
     
   • 虚构劳动关系：若公司通过人力资源部门伪造员工信息、虚构劳动关系以规避社保缴费（如为非全日制员工按全日制缴纳），则涉嫌骗取社会保险待遇，可能被追究刑事责任（《刑法》第二百六十六条）。
     
   • 未告知员工权益：若公司未向员工明确说明社保缴纳情况（如缴费基数、比例），可能侵犯员工知情权，引发劳动争议。

3. 合规建议：公司应如何规范操作

   • 明确代缴流程：制定内部制度，规定人力资源部门仅负责手续办理，社保费用由财务部门统一划扣，避免资金混同。
     
   • 留存证据：保存工资发放记录、社保缴费凭证、劳动合同等材料，证明劳动关系真实性及缴费合规性。
     
   • 定期自查：每季度核对社保缴费基数与员工实际工资，确保符合当地规定（如缴费基数下限为社平工资60%）。
     
   • 员工告知义务：通过入职培训、书面通知等方式向员工说明社保缴纳情况，避免信息不对称。

总结：公司让人力资源代缴社保的合法性取决于是否以真实劳动关系为基础，并严格履行缴费义务。若您遇到公司未缴、少缴社保或虚构劳动关系代缴的情况，可进一步向我咨询具体维权方案。