招标代理费通常由招标人支付，但在特定情况下，也可以约定由中标单位支付，这主要取决于招标人与招标代理机构之间的约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、常规做法与法律依据
常规做法：在大多数情况下，招标代理费是由招标人承担的。这是因为招标代理机构是受招标人的委托，为其提供招标代理服务，包括编制招标文件、组织开标、评标等一系列活动。根据服务收费的常规原则，服务费用通常由委托方（即招标人）支付。
法律依据：虽然直接的法律法规可能并未明确规定招标代理费必须由招标人支付，但根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例的精神，招标活动是由招标人发起的，招标代理机构是为其提供服务的，因此费用由招标人承担是合理的。同时，如果招标文件或招标代理合同中明确约定了费用由中标单位支付，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种约定也是有效的。
二、约定由中标单位支付的情况
合同约定：招标人与招标代理机构可以在合同中明确约定，招标代理费由中标单位在签订合同时或按照一定比例支付给招标代理机构。这种约定在实务中并不罕见，尤其是在一些大型项目或特定行业的招标中。
行业惯例：在某些行业或地区，可能存在将招标代理费转嫁给中标单位的行业惯例。然而，这种惯例并不具有普遍性，且必须建立在双方自愿、平等协商的基础上，同时不得违反相关法律法规的规定。
特殊情况：在某些特殊情况下，如招标人资金紧张或出于其他考虑，可能会与招标代理机构协商，将招标代理费转嫁给中标单位。但这种情况需要谨慎处理，确保不违反相关法律法规和公平竞争原则。
三、法律风险与注意事项
合法性审查：如果招标文件或招标代理合同中约定了由中标单位支付招标代理费，必须确保该约定不违反相关法律法规的强制性规定，否则可能导致约定无效。
公平竞争原则：将招标代理费转嫁给中标单位可能会影响公平竞争原则，因为这可能增加某些投标人的成本负担，从而影响其投标积极性或投标价格。因此，在做出此类约定时，必须充分考虑其对公平竞争的影响。
透明度与公示：如果约定由中标单位支付招标代理费，应在招标文件中明确说明，并在评标过程中向所有投标人公示，以确保透明度和公平性。
四、建议与操作
明确约定：如果招标人希望将招标代理费转嫁给中标单位，应在招标文件或招标代理合同中明确约定，并说明支付方式、支付时间等具体细节。
咨询专业意见：在做出此类约定前，建议招标人咨询专业律师或招标代理机构的意见，以确保约定的合法性和有效性。
考虑投标人反应：招标人应充分考虑投标人对此类约定的反应，避免因此影响投标人的积极性和投标价格。
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