在建设过程中涉及的违章补偿款处理，需结合违章性质、补偿款性质及法律规定综合判断，以下是具体分析：

1. 违章建筑的认定与补偿原则
   若建筑被认定为违章建筑（如未取得规划许可、擅自改变用途等），根据《城乡规划法》第64条，行政机关可责令限期拆除、没收实物或违法收入，并处罚款。此类建筑本身不具有合法产权，原则上不应获得补偿，但需区分两种例外情形：

   • 历史遗留问题：若建筑建于相关法规实施前（如1984年《城市规划条例》前），可能因“法不溯及既往”原则获得部分补偿；
     
   • 程序瑕疵但实体合法：如仅因未办理产权登记，但符合土地用途、建筑标准等实质要求，可能通过补办手续后获得补偿。

2. 补偿款的性质与归属

   • 拆迁补偿款：若违章建筑因公共利益被征收，补偿款通常包括土地价值、建筑残值等。土地部分补偿归土地使用权人（如集体土地承包人、国有土地使用权人）；建筑残值补偿需结合违章程度，若建筑可利用（如材料、设备），可能按市场价折价补偿，但需扣除违章罚款。
     
   • 停产停业损失补偿：若违章建筑用于经营，根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第17条，可能获得停产停业损失补偿，但需证明合法经营（如营业执照、纳税记录等）。

3. 法律程序与风险防范

   • 行政程序：若对违章认定或补偿方案有异议，可在收到《责令限期拆除决定书》等文书后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼，主张建筑合法性或补偿合理性。
     
   • 协商与调解：可与征收方协商补偿标准，或通过第三方调解机构（如人民调解委员会）达成协议，但需确保协议内容不违反法律强制性规定（如不得以“违章建筑合法化”为条件）。
     
   • 证据固定：及时保存建筑建设时间、用途、投入成本等证据（如施工合同、付款凭证、照片等），以支持补偿主张。

4. 实务建议

   • 提前合规审查：建设前确保取得规划许可、施工许可等手续，避免后续纠纷；
     
   • 分类处理补偿款：若涉及多笔补偿（如土地、建筑、经营损失），需明确每笔款项的法律依据及归属，避免混同；
     
   • 谨慎签署协议：签署补偿协议前，务必核对协议条款是否与法律规定一致，尤其关注“放弃权利”“无异议”等表述。

总结：违章补偿款的处理需以违章性质为核心，结合补偿款类型、法律程序及证据情况综合判断。若涉及复杂情形（如历史遗留问题、大额补偿争议），建议提供具体材料（如违章认定文书、补偿方案等），以便进一步分析。