针对违法招投标所做的工程款项处理问题，核心结论是：工程款项的处理需结合违法情形、合同效力及实际履行情况综合判断，可能涉及合同无效、款项返还、折价补偿或行政处罚等后果。以下是具体分析：

1. 违法招投标的法律后果：合同可能无效

根据《招标投标法》及《民法典》相关规定，若招投标活动存在“应招标未招标”“串通投标”“弄虚作假骗取中标”等违法行为，中标合同可能被认定为无效。此时，工程款项的处理需以合同无效为前提：

• 已完工工程：若工程经验收合格，承包人可请求参照合同约定支付工程价款（即“折价补偿”），但需扣除因违法导致的利润部分；
• 未完工工程：若合同无效且工程未完工，发包人可能仅需支付实际完成部分的合理成本，无需支付预期利润。

2. 违法情形对款项处理的影响

不同违法情形可能导致不同处理结果：

• 串通投标或行贿中标：若承包人通过不正当手段中标，发包人可主张合同无效，并要求返还已支付款项（若工程未验收合格）；若工程已合格，发包人仍需支付成本，但可追究承包人违约责任；
• 应招标未招标：若项目属于必须招标范围但未招标，合同无效后，发包人需支付实际完成工程的合理价款，但可能面临行政处罚（如罚款、责令整改）；
• 招标程序违法（如泄露标底、虚假招标）：若程序违法但未影响中标结果，合同可能仍有效，款项按合同约定支付；若影响中标结果，合同无效，按无效合同处理。

3. 实际履行情况对款项的调整

即使合同无效，工程款项的支付仍需考虑实际履行情况：

• 工程质量合格：承包人可主张“折价补偿”，即按实际投入的成本（含材料、人工等）加上合理管理费计算，但不得包含违法所得利润；
• 工程质量不合格：若工程无法修复，发包人可拒绝支付款项，并要求承包人赔偿损失；若可修复，承包人需承担修复费用，发包人支付修复后的合理价款。

4. 行政处罚与刑事责任的风险

违法招投标不仅涉及民事款项处理，还可能引发行政或刑事责任：

• 行政处罚：对发包人、承包人可能处以罚款、没收违法所得、暂停项目执行或吊销资质等（依据《招标投标法》第53-59条）；
• 刑事责任：若行为构成“串通投标罪”或“行贿罪”，相关责任人可能面临刑事处罚，此时工程款项可能作为违法所得被追缴。

5. 实务建议

• 发包人：若发现承包人违法中标，应立即固定证据（如招投标文件、沟通记录），通过诉讼或仲裁主张合同无效，并要求返还超付款项或赔偿损失；
• 承包人：若因违法招投标被追责，应积极配合整改，争取通过协商或调解减少损失，同时注意保留实际投入成本的证据（如采购合同、付款凭证）；
• 双方共同注意：无论合同是否有效，均需优先确保工程质量，避免因质量问题扩大损失。

总结：违法招投标下的工程款项处理需以合同效力为核心，结合违法情形、工程质量及实际履行情况综合判断。建议双方在处理前咨询专业律师，通过法律程序明确权利义务，避免因自行处理导致更大风险。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。