工程合同中扣留5%（通常指质保金）的法律依据主要来源于《建设工程质量保证金管理办法》等相关规定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《建设工程质量保证金管理办法》：
- 该办法明确规定了建设工程质量保证金的预留、返还以及管理等相关内容。其中，关于质保金的预留比例，办法中通常会有明确规定，如“发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%（或根据最新规定可能有所调整，但5%的预留比例在特定情境下或双方协商一致时也可能被接受，需具体查看合同条款及最新政策）”。不过，实际操作中，若合同双方约定扣留5%作为质保金，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定是有效的。
- 质保金的作用是确保承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修。缺陷责任期一般由双方在合同中约定，通常为1年，最长不超过2年。
《中华人民共和国民法典》：
- 民法典中关于合同的规定也适用于工程合同。如果工程合同中明确约定了扣留质保金的相关条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该条款对双方当事人具有法律约束力。
二、实际操作与注意事项
合同约定：
- 工程合同中应明确约定质保金的扣留比例、返还条件、返还时间等关键条款。这些条款应具体、明确，以避免后续产生争议。
- 如果合同双方约定扣留5%作为质保金，应确保该约定符合相关法律法规的规定，且双方对此有清晰的认识和共识。
质保金的管理：
- 质保金应由发包人按照合同约定进行预留和管理。在缺陷责任期内，如果承包人未按照合同约定履行维修义务，发包人有权从质保金中扣除相应的维修费用。
- 缺陷责任期满后，如果承包人已经按照合同约定履行了维修义务，发包人应及时返还剩余的质保金。
争议解决：
- 如果双方在质保金的扣留、返还等方面产生争议，应首先通过协商解决。协商不成的，可以根据合同约定选择仲裁或诉讼等方式解决争议。
三、法律后果
- 如果合同双方约定的质保金扣留比例过高或过低：可能违反相关法律法规的规定或行业惯例，导致合同条款无效或产生其他法律后果。因此，在约定质保金扣留比例时，应充分考虑相关法律法规的规定和行业惯例。
- 如果发包人未按照合同约定返还质保金：承包人有权要求发包人返还，并可能要求发包人承担违约责任或赔偿损失。
建议：在签订工程合同时，双方应充分协商并明确约定质保金的扣留比例、返还条件等关键条款。在合同履行过程中，双方应严格按照合同约定履行各自的义务，以避免产生不必要的争议和损失。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。