结论：因行政机关发放抚恤金扣除工资，可以申请行政复议或提起行政诉讼。以下从法律背景、申请流程、司法案例三个角度进行详细分析：
一、法律背景
行政复议与行政诉讼的法律依据：
- 根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请。
- 同时，根据《中华人民共和国行政诉讼法》的规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。
抚恤金与工资的性质：
- 抚恤金是国家对特定人员（如烈士遗属、因公牺牲军人遗属等）的经济补偿和精神抚慰，具有法定性和强制性。
- 工资是劳动者因提供劳动而获得的报酬，是劳动者劳动权益的重要组成部分。
- 行政机关在发放抚恤金时扣除工资，可能涉及对劳动者合法权益的侵犯，因此劳动者有权寻求法律救济。
二、申请流程
行政复议申请流程：
- 准备材料：包括行政复议申请书、身份证明、相关证据材料等。
- 提交申请：向作出具体行政行为的行政机关的上一级行政机关或者法律、法规规定的行政机关提交行政复议申请。
- 受理与审查：行政机关在收到申请后，会在一定期限内进行审查，并决定是否受理。受理后，会进行进一步的调查和审查，并作出行政复议决定。
行政诉讼起诉流程：
- 准备材料：包括起诉状、身份证明、相关证据材料等。
- 提交起诉：向有管辖权的人民法院提交起诉状，并缴纳诉讼费。
- 立案与审理：人民法院在收到起诉状后，会在一定期限内进行审查，并决定是否立案。立案后，会进行开庭审理，并作出判决。
三、司法案例
虽然无法直接提供具体的司法案例名称和案号（因为这需要具体的法律数据库查询），但可以说明的是，在实践中确实存在因行政机关发放抚恤金扣除工资而引发的行政复议和行政诉讼案件。这些案件通常涉及对行政机关具体行政行为的合法性审查，以及劳动者合法权益的保护。例如，在某些案件中，法院可能认定行政机关在发放抚恤金时扣除工资的行为缺乏法律依据，从而判决行政机关返还被扣除的工资，并可能给予相应的赔偿。
四、建议与提醒
- 保留证据：在申请行政复议或提起行政诉讼前，务必保留好相关证据材料，如工资单、抚恤金发放通知、行政机关的扣除决定等。
- 咨询专业律师：虽然我在这里提供了一些基本的法律知识和建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在申请行政复议或提起行政诉讼前，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律帮助。
- 注意时效：行政复议和行政诉讼都有严格的时效限制。因此，在发现行政机关的具体行政行为侵犯自己的合法权益后，务必及时采取行动，以免错过申请复议或提起诉讼的时机。