该拆迁补偿协议的效力需分情况讨论，关键在于注销行为是否合法以及开发商是否具备签约主体资格，具体分析如下：

1. 若集体土地使用证注销程序合法，且开发商经合法授权或属于适格主体
   根据《民法典》第143条，民事法律行为有效的条件包括：行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律强制性规定。若土地使用证因法定事由（如土地征收、集体决议收回等）被依法注销，且开发商通过合法程序取得拆迁主体资格（如成为政府确定的征收实施单位，或与土地权利人达成合法补偿协议），则协议原则上有效。
   典型情形：政府依法征收集体土地后注销原使用证，开发商作为征收实施单位与被拆迁人签订补偿协议，符合《土地管理法》第47条关于征收补偿的规定。

2. 若集体土地使用证被违法注销，或开发商无签约主体资格

   • 违法注销情形：若注销行为违反法定程序（如未履行听证、公告等程序，或未给予合理补偿），根据《行政诉讼法》第70条，被拆迁人可申请撤销注销决定。此时土地权利仍属原使用权人，开发商与其签订的协议可能因“无权处分”或“重大误解”被认定无效或可撤销。
     
   • 主体不适格情形：若开发商未取得政府授权（如未纳入征收项目范围），或未与土地所有权人（村委会）或使用权人达成一致，其签约行为可能构成无权代理或越权处分，协议效力待定（需权利人追认）或无效。
     典型风险：实践中曾出现开发商伪造注销文件、冒用集体名义签约，此类协议因涉嫌欺诈或恶意串通，根据《民法典》第154条可直接认定无效。

3. 特殊情形：表见代理的认定
   若开发商虽无明确授权，但被拆迁人有理由相信其有代理权（如村委会出具虚假委托书、政府工作人员口头指示等），可能构成表见代理。此时协议效力取决于权利人是否追认：若追认则有效，否则开发商需承担赔偿责任（《民法典》第172条）。

实务建议：

• 对被拆迁人而言，需核查土地使用证注销的法律依据（如征收批文、集体决议等）及开发商的授权文件；
  
• 对开发商而言，应确保签约前取得完整授权（如政府委托书、与村委会的补偿协议），并留存土地权属变更的合法证据；
  
• 若发生争议，可通过行政诉讼确认注销行为合法性，或通过民事诉讼主张协议效力及赔偿。
  

如有具体文件或合同条款需要分析，可进一步向我提供细节。