结论前置：辞职时被扣两千工资是否犯法，需根据具体情况判断，若用人单位无法定理由扣减工资，则属于违法行为。以下从不同角度详细分析：
一、法定扣减工资的情形
根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位仅在以下情形可扣减工资，且扣减后不得低于当地最低工资标准：
- 劳动者造成经济损失：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣减部分不得超过当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于最低工资标准，则按最低工资支付。
- 举例：若员工因疏忽导致公司损失5000元，合同约定赔偿比例为50%，则每月最多扣减工资的20%（如月工资5000元，最多扣1000元），直至赔偿完毕。
- 法定代扣项目：包括个人所得税、社保个人缴纳部分、法院判决的抚养费/赡养费等。
若用人单位以“辞职”为由直接扣减2000元，且不符合上述情形，则属于违法行为。
二、违法扣减工资的法律后果
- 行政处罚：用人单位克扣或无故拖欠工资的，由劳动行政部门责令支付劳动报酬，并可要求支付赔偿金（标准为应付金额的50%-100%）。
- 劳动者维权途径：
- 协商：与用人单位沟通，要求补发工资。
- 投诉：向当地劳动监察大队举报（通常需提供劳动合同、工资条等证据）。
- 仲裁/诉讼：申请劳动仲裁（时效1年），对仲裁结果不服可向法院起诉。
三、特殊情形：劳动者主动辞职是否影响工资发放
- 试用期辞职：根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者在试用期内提前3日通知用人单位，可解除劳动合同，用人单位应全额支付工资。
- 正式员工辞职：劳动者提前30日书面通知用人单位，到期后劳动合同解除，用人单位不得以“未提前通知”为由扣减工资（除非造成实际经济损失且符合法定比例）。
四、建议与行动步骤
- 核实扣减原因：要求用人单位出具书面说明，明确扣减依据（如合同条款、损失证明等）。
- 收集证据：保留劳动合同、工资条、考勤记录、辞职通知等材料。
- 协商或投诉：优先与用人单位协商，协商无果可向劳动监察部门投诉或申请仲裁。
总结：辞职时被扣2000元是否合法，关键看用人单位是否有法定理由。若无合法依据，您有权要求全额支付工资，并通过法律途径维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。