关于辅导员让签纸质版就业合同是否有效的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要结合具体情况和相关法律法规来综合判断。

首先，我们要明确的是，就业合同的签订应当基于双方自愿、平等、公平和诚实信用的原则。如果辅导员以任何方式强迫或诱导毕业生签订就业合同，那么这种行为是违反教育部相关规定的，也是不合法的。教育部明确要求，不准以任何方式强迫、诱导毕业生签订就业协议和劳动合同，这是为了保护毕业生的合法权益，防止他们因就业压力而被迫签订不公平的合同。

其次，就业合同的有效性还取决于合同内容是否合法、合规。一份有效的就业合同应当明确双方的权利和义务，包括工作内容、工作地点、工作时间、薪酬待遇、社会保险等关键条款。如果合同内容存在违法或违规的情况，比如低于最低工资标准、不缴纳社会保险等，那么这份合同也是无效的。

再者，签订就业合同的过程也应当合法合规。比如，合同应当由双方当事人亲自签订或授权他人代签，并加盖公章或合同专用章。如果辅导员代替学生签订合同，或者合同未经双方充分协商就强行签订，那么这种行为也是不合法的，合同也可能因此无效。

最后，我想强调的是，毕业生在签订就业合同时应当保持谨慎和理性。不要因为就业压力而盲目签订合同，更不要因为辅导员的催促或诱导而做出不理智的决定。在签订合同前，毕业生应当仔细阅读合同条款，了解自己的权利和义务，必要时可以咨询专业人士的意见。

综上所述，辅导员让签纸质版就业合同是否有效，取决于合同签订的过程是否合法合规、合同内容是否合法合规以及双方是否自愿签订等因素。如果毕业生对合同内容或签订过程存在疑问或担忧，建议及时与辅导员沟通或咨询相关部门和专业人士的意见。