结论：凭出让合同办理土地首次登记时，可以约定份额，但需满足法定条件并履行相应程序。以下从法律框架、操作路径、风险提示三个维度展开分析：

一、法律框架：份额约定的合法性基础

1. 《民法典》物权编
   第308条规定：“共有人对共有的不动产或者动产没有约定为按份共有或者共同共有，或者约定不明确的，除共有人具有家庭关系等外，视为按份共有。”
   解读：土地使用权作为不动产，其共有形式可通过约定明确。若出让合同中已约定份额（如A公司占70%、B公司占30%），则首次登记时可直接按约定份额办理不动产权证。

2. 《城市房地产管理法》第16条
   “土地使用者必须按照出让合同约定，支付土地使用权出让金；未按照出让合同约定支付土地使用权出让金的，土地管理部门有权解除合同，并可以请求违约赔偿。”
   解读：份额约定需以“已足额支付出让金”为前提。若部分共有人未履行付款义务，可能影响其份额登记的合法性。

二、操作路径：份额登记的实务流程

1. 出让合同阶段

   • 在合同“土地使用条件”条款中明确约定共有方式（按份共有/共同共有）及具体份额比例。
     
   • 示例条款：“本合同项下土地使用权由甲、乙双方按份共有，其中甲方占60%，乙方占40%。”

2. 首次登记申请阶段

   • 提交材料：
     
     • 出让合同（需包含份额约定条款）；
       
     • 土地出让金缴纳凭证；
       
     • 共有权人身份证明及份额协议（如补充协议）；
       
     • 不动产登记申请表（需全体共有人签字）。
       
   • 登记机关审核重点：
     
     • 份额约定是否与出让合同一致；
       
     • 共有人是否均已履行付款义务；
       
     • 是否存在禁止或限制共有份额转让的约定（如需）。

三、风险提示：份额约定的潜在争议点

1. 份额约定模糊的后果
   若出让合同仅写明“共同共有”但未明确份额，后续可能因分配问题引发纠纷。根据《民法典》第309条，共有人可协商确定份额；协商不成的，按出资额确定；不能确定出资额的，视为等额享有。

2. 行政审批与合同约定的冲突
   部分地区土地管理部门可能要求共有份额需符合地方政策（如外资持股比例限制）。若合同约定与政策冲突，可能导致登记受阻或需调整份额。

3. 税务成本差异
   按份共有与共同共有在土地增值税、契税等税种的计算上可能存在差异。例如，按份共有转让份额时，可能需按比例缴纳土地增值税；而共同共有转让整体权益时，税务处理可能不同。

建议：若您需办理土地首次登记并约定份额，可进一步向我提供以下信息，以便定制化分析：

1. 出让合同中是否已明确份额条款？
   
2. 共有人之间是否存在特殊约定（如优先购买权、份额调整机制）？
   
3. 土地用途是否涉及特殊行业（如外资、金融）？
   

我将结合具体条款和地方政策，为您设计合规的份额登记方案。