关于从挂靠公司分包工程并收取中介费的中介协议是否合法的问题，这并非一个简单的“合法”或“不合法”的判断，而是需要依据具体情况和相关法律法规进行综合分析。以下是我从不同角度为你提供的详细解答：
协议内容合法性：
- 首先，要审查中介协议的具体内容。如果协议中明确规定了双方的权利和义务，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么协议在内容上是合法的。
- 然而，如果协议中存在诸如“高额中介费”、“不合理的责任分担”等条款，可能因违反公平原则或法律法规而无效。
挂靠行为的合法性：
- 挂靠行为本身在建设工程领域是受到严格限制的，甚至在某些情况下是违法的。因为挂靠可能导致工程质量、安全等方面的问题，损害公共利益。
- 如果挂靠行为本身不合法，那么基于挂靠行为签订的中介协议也可能因此受到质疑，甚至被认定为无效。
中介费的合理性：
- 中介费的收取应当合理，且应当与提供的服务相匹配。如果中介费过高，超出了正常市场范围，或者中介方并未提供实质性的服务，那么这样的中介费可能被视为不合法或不合理。
- 此外，如果中介费是以非法手段（如行贿、受贿等）获取的，那么这样的中介协议显然是不合法的。
相关法律法规的适用：
- 在判断中介协议是否合法时，还需要考虑相关法律法规的适用。例如，《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国合同法》等法律法规对建设工程领域的合同行为有明确规定。
- 如果中介协议违反了这些法律法规的强制性规定，那么协议将被认定为无效。
法律建议：
- 如果你正在考虑签订这样的中介协议，我建议你先仔细审查协议内容，确保条款合法、合理且明确。
- 同时，你也需要了解挂靠行为的合法性以及可能带来的法律风险。
- 如果可能的话，最好咨询专业的法律人士（比如我，李琼利律师，专注于刑事辩护、合同纠纷领域），对协议进行全面的法律审查，以确保你的权益得到保障。
可能的法律后果：
- 如果中介协议被认定为无效，那么你可能无法依据协议获得预期的中介费，甚至可能面临法律责任。
- 如果挂靠行为被查处，你也可能因此受到牵连，面临罚款、吊销资质等法律后果。
综上所述，从挂靠公司分包工程并收取中介费的中介协议是否合法，需要依据具体情况和相关法律法规进行综合分析。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。