结论：劳动合同中约定的综合计算工时工作制，即便未备案成功，该约定本身并不因此无效，但其实际执行可能面临法律风险和调整。以下从多个角度进行详细分析：

1. 劳动合同约定的效力：

   • 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同一旦双方签字或盖章，即具有法律效力，对双方均产生约束力。
   • 因此，即便综合计算工时工作制未备案成功，劳动合同中关于工时制度的约定仍然有效，双方应按照约定履行。

2. 备案制度的作用与影响：

   • 备案制度通常是为了加强行政监管，确保用人单位遵守相关法律法规，保障劳动者的合法权益。未备案并不意味着劳动合同中的约定无效，但可能意味着用人单位在执行该工时制度时可能面临行政处罚或需要接受劳动行政部门的监督与指导。
   • 对于综合计算工时工作制，备案通常是实施该制度的前提条件之一。未备案可能导致用人单位在实际执行中遇到障碍，如无法准确计算加班工资、可能面临劳动争议等。

3. 实际执行中的法律风险：

   • 如果用人单位未按照备案要求执行综合计算工时工作制，或者未备案而擅自执行，可能面临劳动行政部门的处罚，包括警告、罚款等。
   • 在劳动争议中，如果劳动者主张用人单位未按照法律规定或劳动合同约定执行工时制度，用人单位可能需要承担举证责任，证明其已经按照约定或法律规定执行了工时制度。未备案可能增加用人单位的举证难度。

4. 建议与措施：

   • 及时备案：用人单位应尽快按照相关规定办理综合计算工时工作制的备案手续，以确保合法合规执行。
   • 完善劳动合同：在劳动合同中明确约定工时制度的具体内容，包括工作时间、休息休假、加班工资计算等，以减少潜在的法律风险。
   • 加强内部管理：建立健全的工时管理制度，确保实际执行与劳动合同约定一致，避免出现违法违规行为。
   • 咨询专业律师：在涉及工时制度等复杂法律问题时，及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。

总结：劳动合同中约定的综合计算工时工作制未备案成功，并不影响劳动合同本身的效力，但用人单位在实际执行中可能面临法律风险和调整。因此，建议用人单位及时办理备案手续，完善劳动合同内容，加强内部管理，并在必要时咨询专业律师。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。