已过有效期的化肥所做的鉴定，其效力需分情况讨论，不能一概而论。具体分析如下：

1. 鉴定目的与过期化肥的关联性
   若鉴定目的是为了确认化肥过期前的质量（如成分、有效性等），且过期时间较短、化肥未发生明显物理或化学变化（如结块、挥发、变质等），则鉴定结果可能仍具有参考价值。但需结合其他证据（如生产记录、销售记录等）综合判断。
   若鉴定目的是为了确认过期化肥对农作物或土壤的实际损害（如污染、减产等），则过期化肥的当前状态（如是否已变质）是关键。若化肥已因过期导致性质改变，鉴定结果可直接反映其当前危害性，但需注意鉴定机构是否具备相关资质（如农业、环保领域鉴定资格）。

2. 鉴定机构的资质与程序合法性
   无论化肥是否过期，鉴定效力首先取决于鉴定机构是否具备法定资质（如CMA认证、CNAS认可等），以及鉴定程序是否符合法律规定（如采样、送检、分析等环节是否规范）。若鉴定机构资质或程序存在瑕疵，即使化肥未过期，鉴定结果也可能被认定为无效。

3. 法律对过期产品的特殊规定
   根据《产品质量法》《消费者权益保护法》等，过期化肥可能被认定为“缺陷产品”或“不合格产品”。若因使用过期化肥导致损害，受害方可主张赔偿，但需证明损害与化肥过期之间的因果关系。此时，鉴定报告是关键证据，但其效力仍需结合其他证据（如使用记录、损害现场照片等）综合认定。

4. 实务建议

   • 若您是受害方：立即停止使用过期化肥，保留包装、购买凭证、损害现场照片等证据，并委托有资质的机构对化肥当前状态及损害原因进行鉴定。
     
   • 若您是销售方/生产方：需核查化肥过期原因（如是否因储存不当导致提前变质），并评估鉴定报告的合理性。若对鉴定结果有异议，可申请重新鉴定或通过法律程序质疑其效力。
     

总结：过期化肥的鉴定效力需结合鉴定目的、化肥状态、机构资质及法律程序综合判断。若涉及纠纷，建议根据具体场景收集证据，并咨询专业律师以制定应对策略。