化肥因果关系的鉴定一般不可以直接由农业咨询公司来做，但需分情况讨论：

1. 从资质角度分析：
   化肥因果关系鉴定属于专业性强、技术要求高的领域，通常需要具备相应资质的机构进行。根据《司法鉴定程序通则》及相关规定，司法鉴定机构需经省级司法行政机关审核登记，取得《司法鉴定许可证》，且鉴定人需具备相关专业技术职称或执业资格。农业咨询公司若未取得司法鉴定资质，其出具的鉴定意见可能不被法院采信，甚至可能因超越经营范围而面临行政处罚。

2. 从业务范围角度分析：
   农业咨询公司的主营业务通常包括农业技术咨询、土壤检测、肥料配方设计等，但这些服务与“因果关系鉴定”存在本质区别。因果关系鉴定需通过科学实验、数据分析等手段，明确化肥使用与损害结果之间的直接关联性，这超出了普通农业咨询的业务范畴。若农业咨询公司擅自开展此类业务，可能因缺乏专业设备或方法而影响鉴定结果的准确性。

3. 从法律责任角度分析：
   若农业咨询公司出具的鉴定意见存在错误或虚假，导致当事人遭受损失，可能需承担民事赔偿责任。例如，在化肥质量纠纷中，若鉴定机构未严格遵循检测规范，导致错误结论，受害方有权依据《民法典》第1165条要求其赔偿损失。此外，若鉴定机构与一方当事人存在利害关系，其鉴定意见还可能因缺乏公正性而被排除。

建议：
若需进行化肥因果关系鉴定，应优先选择具备司法鉴定资质的机构（如农业科学院、质检中心等），并确保鉴定人具有相关专业背景。若对鉴定结果有异议，可依法申请重新鉴定或补充鉴定。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情提供专业分析。