结论：五年后法院要求重新鉴定假化肥造成大面积果树死亡的因果关系，并不必然违法，但需结合具体程序和法律规定来判断其合法性。
一、从法律程序合法性角度分析
鉴定时限与诉讼时效：
- 诉讼时效是法律规定的请求法院保护其民事权利的有效期限。对于因假化肥造成的果树死亡损害赔偿，诉讼时效通常为三年（根据现行《民法典》规定），自权利人知道或应当知道权利受到损害及义务人之日起计算。但诉讼时效的经过并不直接导致鉴定程序违法，只是可能影响权利人胜诉权。
- 鉴定程序本身不受诉讼时效的严格限制，只要在诉讼过程中，法院认为有必要进行鉴定以查明事实，即可依法委托鉴定机构进行。
重新鉴定的合法性：
- 根据《民事诉讼法》及相关司法解释，当事人对鉴定意见有异议或法院认为鉴定意见有瑕疵时，可以申请重新鉴定。重新鉴定的合法性取决于是否满足法定条件，如鉴定机构或鉴定人员不具备相应资格、鉴定程序严重违法、鉴定意见明显依据不足等。
- 五年后要求重新鉴定，并不直接违反法律规定，但需确保重新鉴定的理由充分且符合法定条件。
二、从实际操作与合理性角度分析
证据保存与鉴定可行性：
- 五年时间可能对果树死亡的现场证据造成影响，如土壤成分变化、果树残骸腐烂等，这可能影响鉴定的准确性和可行性。但若能通过其他方式（如历史记录、证人证言等）佐证因果关系，仍可能进行鉴定。
- 法院在决定重新鉴定时，会考虑证据保存状况及鉴定可行性，以确保鉴定结果的客观性和公正性。
当事人权益保护：
- 重新鉴定旨在更准确地查明事实，保护当事人的合法权益。若因时间推移导致鉴定困难，法院可能会采取其他措施（如专家辅助人制度）来辅助查明事实。
- 当事人有权对鉴定意见提出异议，并申请重新鉴定或补充鉴定，以维护自身权益。
三、建议与后续行动
审查鉴定程序合法性：
- 若对五年后重新鉴定的合法性有疑问，可审查鉴定程序是否符合法定条件，如鉴定机构资质、鉴定人员资格、鉴定程序是否违法等。
积极准备证据与抗辩：
- 当事人应积极准备相关证据，如购买化肥的记录、果树死亡的现场照片、证人证言等，以支持自己的主张。
- 在鉴定过程中，可委托专业律师或农业专家参与，提供专业意见和抗辩。
关注诉讼时效与权利行使：
- 尽管诉讼时效的经过不直接导致鉴定程序违法，但当事人仍需关注诉讼时效问题，及时行使权利，避免因时效经过而丧失胜诉权。
总结：五年后法院要求重新鉴定假化肥造成大面积果树死亡的因果关系，并不必然违法。但需结合具体程序和法律规定来判断其合法性。当事人应积极准备证据、审查鉴定程序合法性，并关注诉讼时效问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。