结论：公司因员工损坏货物而罚款2000元，这一做法是否合理，需结合具体情况判断，一般情况下，罚款金额不应超过员工当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
分析如下：
罚款的合法性基础：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
具体到本案例：
- 员工月工资为5000元，若公司因员工损坏货物而要求赔偿，每月最多只能扣除1000元（即5000元的20%）作为赔偿。
- 公司一次性罚款2000元，若该罚款是作为一个月内的赔偿扣除，则超出了法定限额；若该罚款是分多个月扣除，且每月扣除金额不超过1000元，则可能合法，但需确保扣除后工资不低于当地最低工资标准。
其他考虑因素：
- 劳动合同或公司规章制度：若劳动合同或公司规章制度中明确规定了损坏货物的赔偿方式和限额，且该规定不违反法律法规的强制性规定，则公司可按照约定执行。但即便如此，罚款金额仍需受上述20%和最低工资标准的限制。
- 货物的实际价值：若货物的实际价值低于2000元，公司要求赔偿2000元可能显失公平，员工有权提出异议。
- 员工的过错程度：若员工是故意或重大过失导致货物损坏，公司可能更有理由要求赔偿；但若员工只是轻微过失或无过错，公司则应酌情减轻或免除赔偿责任。
建议：
- 员工角度：若认为公司的罚款不合理或违法，可与公司协商解决；协商不成，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 公司角度：在制定规章制度或签订劳动合同时，应明确损坏货物的赔偿方式和限额，并确保该规定合法合规；在执行罚款时，应严格遵守法律法规的强制性规定，避免引发劳动争议。
示例计算：
- 假设当地最低工资标准为2000元/月。
- 员工月工资为5000元。
- 公司因员工损坏货物要求赔偿。
- 合法赔偿限额：每月最多扣除1000元（5000元的20%），且扣除后工资不得低于2000元。
- 若公司一次性罚款2000元：则超出法定限额，员工有权提出异议。
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