工程罚款是否可以在工程付款里扣减，需分情况讨论，具体如下：

1. 合同有明确约定时
   若工程合同中明确约定了“发包方有权从工程款中直接扣减罚款”，且该条款不违反法律强制性规定（如未显失公平、未违反公序良俗），则发包方可以直接从应付工程款中扣除罚款。此时需注意：

   • 罚款条款需符合《民法典》第153条，不得以合法形式掩盖非法目的（如变相压低工程价款）；
     
   • 罚款金额需合理，若明显过高（如超过实际损失的30%），可能被认定为“违约金过高”，承包方可依据《民法典》第585条请求法院或仲裁机构调整。

2. 合同无明确约定时
   若合同未约定扣减方式，发包方需通过以下途径主张罚款：

   • 协商扣减：与承包方达成书面补充协议，明确扣减金额及方式；
     
   • 诉讼/仲裁主张：若协商不成，发包方需单独提起诉讼或仲裁，要求承包方支付罚款，再凭生效法律文书从后续工程款中抵扣。此时需注意：
     
     • 罚款需有合法依据（如承包方违反安全规范、工期延误等）；
       
     • 发包方需承担举证责任，证明损失与承包方行为的因果关系。

3. 特殊情形：行政处罚罚款
   若工程罚款系行政机关对承包方的处罚（如环保、安监部门罚款），发包方无权直接扣减工程款。此类罚款需由承包方自行承担，发包方若擅自扣减可能构成违约，需承担补付工程款的责任。

实务建议：

• 发包方：在合同中明确罚款条款（包括触发条件、计算方式、扣减程序），并留存承包方违约的证据（如照片、监理报告）；
  
• 承包方：若认为罚款不合理，可要求发包方提供损失证明，或通过法律途径主张调整。
  

如有具体合同条款或纠纷细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您分析。