结论：当法院判决股东会决议无效后，公司登记机关需根据公司或相关利害关系人的申请，并依据法院的生效判决，撤销基于该无效决议所办理的变更登记，恢复至决议前的登记状态。以下从法律依据、操作流程、注意事项三个角度详细说明：
一、法律依据
《中华人民共和国公司法》第二十二条：
- 决议内容违反法律、行政法规的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院宣告无效。法院宣告无效后，该决议自始没有法律约束力。
- 公司应当根据法院的判决，对相关事项进行重新处理，包括向公司登记机关申请撤销基于无效决议所办理的变更登记。
《中华人民共和国市场主体登记管理条例》及相关实施细则：
- 公司登记机关负责市场主体登记工作，包括公司设立、变更、注销等登记事项。
- 当公司基于无效的股东会决议办理了变更登记时，公司登记机关有权根据法院的生效判决，撤销该变更登记。
二、操作流程
法院判决生效：
- 首先，需要确保法院关于股东会决议无效的判决已经生效。只有生效的判决才具有法律执行力，公司登记机关才会依据其进行变更登记的撤销。
提交申请材料：
- 公司或相关利害关系人（如其他股东、债权人等）应向公司登记机关提交撤销变更登记的申请，并附上法院的生效判决书作为依据。
- 申请材料通常包括：撤销变更登记申请书、法院生效判决书、公司营业执照副本等。
公司登记机关审查：
- 公司登记机关在收到申请材料后，会进行审查。审查的内容主要包括：申请材料的真实性、合法性以及是否符合撤销变更登记的条件。
- 如果审查通过，公司登记机关会作出撤销变更登记的决定，并通知申请人。
办理撤销登记手续：
- 公司登记机关会根据公司或相关利害关系人的申请和法院的生效判决，办理撤销变更登记的手续。
- 撤销变更登记后，公司的登记状态将恢复至决议前的状态。
三、注意事项
及时申请：
- 一旦法院判决股东会决议无效，公司或相关利害关系人应及时向公司登记机关申请撤销变更登记，以避免因登记状态与实际不符而引发的法律风险。
保留证据：
- 在申请撤销变更登记时，应确保提交的申请材料真实、完整，并附上法院的生效判决书作为关键证据。
关注后续影响：
- 撤销变更登记后，公司可能需要重新召开股东会会议并作出新的决议，以处理相关事项。同时，公司还应关注撤销变更登记对与其他方签订的合同、协议等法律文件的影响，必要时应进行协商或调整。
举例说明：假设某公司股东会决议将公司的一项重要资产转让给第三方，但该决议内容违反了法律、行政法规的强制性规定，被法院宣告无效。在此情况下，公司应及时向公司登记机关申请撤销基于该无效决议所办理的资产转让变更登记，恢复至决议前的资产状态。如果公司未及时申请撤销变更登记，可能会面临法律风险和纠纷。
总结与建议：当法院判决股东会决议无效后，公司登记机关的撤销操作需严格依据法院的生效判决进行。公司或相关利害关系人应及时申请撤销变更登记，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。