结论前置：
- 一般情况下，农民在耕地上建房是不合法的，因为这违反了我国严格的土地用途管制和耕地保护制度。
- 但在特定条件下，经过合法审批程序将耕地转为建设用地后，建房行为可以变得合法。
一、不合法的依据与分析
土地用途管制与耕地保护：
- 我国实行严格的土地用途管制制度和耕地保护制度，耕地主要用于农业生产，以确保国家的粮食安全和农业可持续发展。
- 根据《中华人民共和国土地管理法》第三十七条及《基本农田保护条例》第十七条，明确禁止任何单位和个人擅自占用耕地进行非农建设，包括建窑、建坟、建房等行为。
法律后果：
- 非法占用耕地建房将受到法律的制裁，县级以上人民政府自然资源主管部门有权责令退还非法占用的土地，并限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
- 此类违法建筑可能面临被拆除的风险，且拆除费用通常由违法者承担。此外，还可能面临罚款等行政处罚，甚至构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
对土地和资源的影响：
- 擅自在耕地上建房会破坏耕地的原有功能，导致土壤质量下降、生态环境破坏以及粮食生产能力的降低，对国家的粮食安全和农业可持续发展构成威胁。
二、特殊合法情况
国家重点建设项目：
- 在特定情况下，如因国家能源、交通、水利、军事设施等重点建设项目选址确实难以避让永久基本农田，涉及农用地转用或者土地征收的，必须经国务院批准后方可实施。这种情况下，经过合法审批，可以在耕地上进行建设活动，包括建房。
合法的审批程序：
- 农村村民在符合宅基地申请条件的前提下，可以通过一系列法定程序将耕地依法转为建设用地后再建房。
- 这包括经过本集体经济组织同意、乡（镇）人民政府审核、县级人民政府批准等步骤，并办理农用地转用审批手续。只有经过这些合法程序，才能在耕地上建房。
农业设施建设：
- 对于农业生产配套的一些设施建设，如存放农具、农产品的临时性仓储用房等，在符合相关规定的前提下，也是可以在农田上进行建设的。但同样需要按照规定的程序进行申报和审批，确保建设的合法性和合规性。
三、总结与建议
为了维护土地管理秩序、保障粮食安全和促进农业可持续发展，我们应当严格遵守土地管理法律法规，不在耕地上进行非法建设活动。如有建房需求，应依法申请相关审批手续，并按照规划要求进行建设。具体来说：
- 了解法律法规：在计划建房前，务必深入了解相关的法律法规和政策，确保自己的行为合法合规。
- 咨询相关部门：及时咨询当地土地管理部门或规划部门，了解建房的具体要求和审批流程。
- 依法办理手续：按照规定的程序和要求，依法办理农用地转用审批手续和宅基地使用权申请手续等。
- 遵守规划要求：在建造住宅时，应当遵守土地利用规划和村庄规划等要求，确保建设的合法性和合规性。
如有任何关于土地或房产方面的问题或疑虑，可以直接向我咨询，我将为你提供专业的法律意见和帮助。