结论：入职三个月才签合同是违法的。

法律背景与依据：

根据《中华人民共和国劳动合同法》第十条的规定，用人单位应当自用工之日起一个月内与劳动者订立书面劳动合同。这是法律对用人单位的明确要求，旨在保护劳动者的合法权益，明确双方的权利和义务。若超过一个月未签订，用人单位将面临法律风险。

具体法律后果：

1. 双倍工资差额：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。这意味着，如果入职三个月才签合同，用人单位需要向劳动者支付第二个月和第三个月的双倍工资差额。
   • 计算公式：双倍工资差额 = 月工资 × (未签合同月数 - 1)（因为第一个月不计算在内）。例如，若月工资为5000元，则双倍工资差额为5000元 × 2 = 10000元。

2. 无固定期限合同风险：

   • 如果用人单位自用工之日起满一年仍然未与劳动者订立书面劳动合同，根据法律规定，将视为用人单位与劳动者已订立无固定期限劳动合同。这将对用人单位的用工管理带来更大的不确定性和风险。

3. 行政处罚：

   • 劳动行政部门有权对用人单位进行责令改正或罚款等行政处罚，具体金额和处罚措施视地区规定而定。

对劳动者的影响与建议：

• 权益受损：未及时签订合同可能导致社保公积金缴纳滞后、加班费计算争议等问题，影响劳动者的合法权益。
• 维权建议：
  1. 主动沟通：劳动者可以主动与用人单位沟通，提醒其尽快签订合同，并保留沟通记录作为证据。
  2. 留存证据：保存工作证、工资条、打卡记录等材料，以证明劳动关系及入职时间。
  3. 法律途径：若协商未果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付双倍工资差额并签订书面劳动合同。

对用人单位的风险提示与优化措施：

• 法律成本增加：双倍工资差额和行政处罚可能显著提高用人单位的用人成本。
• 管理优化建议：
  1. 建立合同签订预警机制：设置系统自动提醒或专人负责跟进合同签订情况，确保在法定期限内完成签订。
  2. 优化流程：提前准备合同模板，减少审批环节，提高签订效率。
  3. 加强培训：提升HR团队的法律意识，确保其对劳动合同法的相关规定有充分了解并严格执行。

特殊情况说明：

• 若因不可抗力（如自然灾害）或劳动者个人原因（如拒绝提供证件、反复修改合同条款等）导致延迟签订合同，用人单位需提供充分证据以证明其无过错，否则仍需承担法律责任。

总结与提醒：

入职三个月才签合同是违法的，用人单位应严格遵守法律规定，及时与劳动者签订书面劳动合同。劳动者也应主动维护自身权益，必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。