结论前置：公司因员工违反公司规定而扣钱，在大多数情况下是不合法的，但公司在一定条件下，可以依据合法有效的规章制度采取经济处罚措施，且该处罚不能等同于罚款，并需确保合理性和合法性。以下是对此问题的详细分析：
一、不合法的情况
公司无罚款权：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律，用人单位没有直接对劳动者进行罚款的法定权利。罚款是行政处罚的一种，仅由国家特定的行政机关依法实施，企业并非行政机关，因此不具备罚款权。
- 举例：若公司以员工上班迟到为由直接处以罚款，这种行为在法律上是缺乏依据的，属于不合法行为。
规章制度不合法或未公示：
- 如果公司的规章制度未经民主程序制定或未向劳动者公示，则该规章制度对员工不具有约束力。公司以此为依据扣钱是不合法的。
- 举例：公司未经讨论和公示就发布新规定，并以员工违反该规定为由扣钱，这种做法是不合法的。
扣除金额不合理或超出法定范围：
- 即使员工违反了公司规定，但如果公司扣除的金额明显不合理，或者扣除比例超过了法定的每月不超过当月工资20%的标准（若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付），也是不合法的。
- 举例：员工仅轻微违反考勤制度，公司却扣除其当月一半的工资，这显然是不合理且不合法的。
二、合法的情况（在一定条件下）
规章制度合法有效：
- 公司可以基于合法有效的规章制度对违反规定的员工进行经济处罚，但该规章制度必须经过民主程序制定，内容不违反法律法规的强制性规定，并已向劳动者公示或告知。
- 经济处罚应具合理性，与员工的违规行为相对应，且罚款金额需在合理范围内。
- 举例：公司规章制度明确规定员工旷工一天将扣除当天工资的200%作为处罚（在法定限额内），且该规章制度经过民主程序并制定并向员工公示，则此处罚在员工旷工时是合法的。但需注意，实际操作中扣除比例需严格遵守法律法规，此处仅为示例说明规章制度合法性的重要性。
因员工过错造成经济损失的赔偿：
- 虽然用人单位不能直接对员工进行罚款，但如果员工因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以根据劳动合同的约定要求其赔偿相应的经济损失。赔偿金可从劳动者工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 举例：员工因严重失职导致公司合同失败并造成直接经济损失，公司可依法从其工资中扣除相应赔偿款，但需确保扣除比例和金额符合法律规定。
三、法律建议
公司应确保规章制度的合法性和合理性：
- 公司在制定和执行规章制度时，应确保其内容的合法性和程序的正当性。规章制度应经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知。
公司应依法采取合适的处罚方式：
- 对于员工的违规行为，公司应依法采取合适的处罚方式，如警告、记过、辞退等，避免采取违法的罚款措施。
员工应了解自己的权益：
- 员工应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当措施维护自己的权益。如认为公司扣钱行为不合法，可以与公司进行协商解决；协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结：公司因员工违反公司规定而扣钱是否合法，取决于公司的规章制度是否合法制定、内容是否合理、是否有充分证据以及扣罚行为是否符合法律规定。公司在制定和执行规章制度时，应确保其内容的合法性和程序的正当性；员工则应了解自己的权益，并在必要时采取适当措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。