结论：公司按照最低基数缴纳社保是否合法需分情况讨论，主要取决于员工实际工资水平与当地社保缴费基数的规定。以下是具体分析：

1. 若员工实际工资高于当地社保最低缴费基数，公司按最低基数缴纳则不合法
   根据《社会保险法》及《社会保险费征缴暂行条例》，社保缴费基数应按员工上年度月平均工资确定（新入职员工按首月工资），且不得低于当地社保缴费基数下限（通常为社平工资的60%），也不得高于上限（通常为社平工资的300%）。

   • 若员工工资高于下限：公司必须按实际工资申报缴费基数，若擅自按最低基数缴纳，属于“未足额缴纳社保”，员工可向当地社保部门投诉，要求公司补缴差额，并可能面临社保部门处罚（如罚款、滞纳金）。
     
   • 法律依据：《社会保险法》第六十条、第六十二条、第八十六条。

2. 若员工实际工资等于或低于当地社保最低缴费基数，公司按最低基数缴纳则合法

   • 若员工工资≤下限：公司可直接按最低基数缴纳，无需按实际工资申报（因法律允许“保底”）。
     
   • 例外情形：部分地区可能要求公司证明员工工资确实低于下限（如提供工资条、劳动合同等），否则仍可能被认定为违规。

3. 实务风险提示

   • 公司风险：即使员工同意按最低基数缴纳，该约定因违反法律强制性规定而无效，公司仍需补缴；若被稽查，还可能影响企业信用评级。
     
   • 员工权利：员工有权要求公司按实际工资补缴社保，并可通过劳动仲裁或社保投诉维权（需注意1年仲裁时效）。
     
   • 地区差异：部分城市（如北京、上海）对社保缴费基数审核较严，建议公司定期自查合规性。

建议：若您发现公司未按实际工资缴纳社保，可先与公司协商补缴；若协商无果，可携带劳动合同、工资流水等证据向当地社保局投诉或申请劳动仲裁。如有进一步疑问，欢迎直接向我咨询具体操作流程。