结论：离职按旷工处理扣员工工资是否合理，需分情况讨论。若用人单位有合法有效的规章制度，且扣除范围和数额合理合法，则扣除旷工期间工资是合理的；但若用人单位无合法依据或超出合理范围扣除工资，则构成违法克扣工资，是不合理的。
详细分析：
合法扣除的情况：
- 规章制度合法：用人单位需拥有明确且合法的规章制度，该制度应经过民主程序制定，并向劳动者公示。规章制度中应明确规定旷工的扣薪标准，包括旷工当天的工资扣除以及可能的惩处性扣薪。
- 扣除范围合理：用人单位以旷工为由扣除工资时，扣除的范围和数额必须合理、合法。扣除的工资部分应仅限于因旷工给用人单位造成的直接经济损失，且不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，则需按最低工资标准支付。
- 实际案例：假设某员工旷工一天，其日工资为200元，用人单位规章制度规定旷工一天扣除当天工资并额外扣除100元作为惩处。若该规章制度合法且已向员工公示，则用人单位扣除300元（当天工资200元+惩处100元）在合理范围内（假设未超过当月工资的20%），是合法的。但若扣除数额超过合理范围，如扣除500元，则可能构成违法克扣。
违法扣除的情况：
- 无合法依据：若用人单位无合法有效的规章制度作为扣薪依据，或规章制度未经过民主程序制定、未向劳动者公示，则用人单位无权扣除旷工期间的工资。
- 扣除范围过大：即使用人单位有规章制度，但若扣除的工资范围或数额明显不合理，如扣除的工资超过劳动者当月工资的20%，或扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，也构成违法克扣。
- 实际后果：若用人单位违法扣除工资，劳动者有权要求用人单位说明扣薪依据并提供相关制度文本。协商不成时，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在符合法定情形的情况下，劳动者甚至有可能通过法律途径获得辞职赔偿金等补偿。
离职工资结算规定：
- 无论员工因何种原因离职（包括旷工），用人单位都应依法结算其已工作期间的工资。这意味着，即使员工旷工后离职，用人单位仍需支付其实际出勤并已完成工作的工资部分。
建议：
- 对用人单位：建议用人单位制定合法有效的规章制度，明确旷工的扣薪标准，并向劳动者公示。在扣除旷工期间工资时，确保扣除范围和数额合理、合法，避免违法克扣工资的风险。
- 对劳动者：若面临不合理扣工资的情况，应首先尝试与用人单位进行协商解决。若协商无果，可依法向劳动监察部门投诉举报或提起劳动仲裁申请，以维护自己的合法权益。
如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。