当发现工伤认定中的公司主体错误时，你可以采取以下措施来维护自身合法权益：
及时更正申请（若工伤认定程序尚未完成）：
- 发现错误：在工伤认定程序进行中，一旦发现公司主体信息填写错误，应立即采取行动。
- 提交更正：以书面形式向负责工伤认定的社会保险行政部门提出更正申请，详细阐述错误情况及正确的公司主体信息，并提供相关证明材料，如劳动关系证明、企业注册登记资料等，以证明你的主张。
- 配合核实：积极配合行政部门的核实工作，确保错误信息得到及时更正，避免后续的法律纠纷。
申请行政复议或提起行政诉讼（若已作出工伤认定决定但处于时效内）：
- 法律依据：根据《工伤保险条例》第五十五条，对工伤认定结论不服的，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
- 申请复议：在知道具体行政行为之日起60日内，向上一级主管部门或本级人民政府申请行政复议，详细说明公司主体错误的事实及理由，并提供相应证据。
- 提起诉讼：若对复议结果不满意或选择不经过复议，可在知道或应当知道行政行为之日起六个月内，向有管辖权的人民法院提起行政诉讼，要求法院撤销错误的工伤认定决定，并重新作出正确的认定。
申请行政纠错或再审（若工伤认定决定已生效）：
- 行政纠错：向作出工伤认定决定的社会保险行政部门提出行政纠错申请，说明公司主体错误的具体情况和证据，请求其主动纠正。这通常需要提供充分的证据来证明原认定中的主体错误。
- 再审程序：若行政纠错未得到有效解决，且满足再审条件（如有新证据足以推翻原决定，或原决定适用法律、法规确有错误），可考虑通过审判监督程序（再审）来解决问题。这通常是一个较为复杂且耗时的过程，需要专业的法律知识和经验来支持。
在处理此类问题时，你还需要注意以下几点：
- 沟通协商：在采取法律手段前，建议先与行政机关进行沟通，了解具体情况并尝试协商解决。这有助于减少不必要的法律纠纷和成本。
- 证据材料：确保提供的所有证据材料真实、完整，以便行政复议机关或人民法院能够准确判断工伤认定结论的正确性。证据是法律纠纷中的关键，务必重视。
- 法定期限：务必在法定期限内申请行政复议、提起行政诉讼或进行其他法律程序。逾期将可能丧失相关权利，导致无法维护自身合法权益。
示例说明：
假设你在某公司工作期间受伤，但在申请工伤认定时，由于疏忽或信息错误，将公司主体填写为了另一家无关的公司。在工伤认定程序进行中，你发现了这一错误。此时，你可以立即向社会保险行政部门提交书面更正申请，并提供正确的公司主体信息和相关证明材料。如果工伤认定决定已经作出但处于时效内，你可以选择申请行政复议或提起行政诉讼来纠正错误。如果决定已经生效，你可以考虑申请行政纠错或再审程序来解决问题。
最后，我建议你：在处理此类法律纠纷时，务必保持冷静和理性，依法依规维护自身合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。