结论：小作坊生产的粉条合格证直接放置袋子里是否违法，不能一概而论，需结合具体情况判断，主要看是否符合相关法律法规对产品质量和标识的要求。以下从不同角度进行分析：
一、合格证放置方式与产品质量标识要求
产品质量标识的基本要求：
- 根据《中华人民共和国产品质量法》等相关法律法规，产品或者其包装上的标识应当真实、准确，并包含产品名称、生产厂厂名和厂址、产品规格、等级、所含主要成份的名称和含量（用中文予以标明）、生产日期、安全使用期或者失效日期、警示标志或者中文警示说明等必要信息。
- 合格证作为产品质量的一种证明，其放置方式虽未明确规定必须粘贴或固定在产品包装上，但应确保消费者能够方便、清晰地获取到合格证上的信息。
合格证直接放置袋子里的合法性分析：
- 如果合格证上的信息完整、准确，且放置在袋子里不会因搬运、储存等过程而丢失或损坏，导致消费者无法获取到合格证信息，那么这种放置方式在法律上可能并不构成违法。
- 然而，如果合格证放置在袋子里容易丢失或损坏，或者消费者在购买时难以发现合格证，从而无法确认产品的质量状况，那么这种放置方式可能不符合产品质量标识的要求，存在违法风险。
二、小作坊生产粉条的合法经营要求
证照齐全：
- 小作坊生产粉条必须依法办理营业执照、税务登记证等经营证照，以及可能需要的食品生产许可证等相关证照。这是合法经营的基础。
产品质量合格：
- 小作坊生产的粉条必须符合相关的质量标准和安全要求，不存在质量缺陷和安全隐患。这包括粉条的原料、生产工艺、添加剂使用等方面都必须符合法律法规的规定。
遵守其他法规：
- 除上述要求外，小作坊还应遵守安全生产、劳动保护、环境保护等方面的法律法规和行业规范，确保生产安全和员工权益，同时避免对环境造成污染。
三、法律建议
完善合格证放置方式：
- 小作坊应考虑将合格证以更稳固的方式固定在产品包装上，如粘贴或缝制在包装袋上，以确保消费者能够方便、清晰地获取到合格证上的信息。
加强产品质量管理：
- 小作坊应建立完善的质量管理体系，确保生产的粉条符合相关的质量标准和安全要求。这包括加强原料检验、生产过程控制、成品检验等环节的管理。
遵守相关法律法规：
- 小作坊应全面了解并遵守与生产经营相关的法律法规和行业规范，确保合法经营。如有疑虑或担忧，建议咨询当地市场监管部门或其他相关部门以获取具体指导。
总结：小作坊生产的粉条合格证直接放置袋子里是否违法，需结合合格证放置方式是否符合产品质量标识要求、小作坊是否合法经营以及产品质量是否合格等多方面因素进行判断。如有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。