农业植物新品种权侵权案件处理规定并未作废。以下是对此问题的详细解释：

1. 法规现状：

   • 目前，关于农业植物新品种权侵权案件的处理，主要依据的是《中华人民共和国植物新品种保护条例》及其相关配套规定。这些法规和规章为植物新品种权的保护提供了明确的法律依据和操作指南。
   • 截至当前，没有官方信息表明《农业植物新品种权侵权案件处理规定》已被废止或失效。因此，在处理相关侵权案件时，仍应遵循该规定及其他相关法律法规。

2. 侵权处理流程：

   • 当发现农业植物新品种权被侵权时，权利人可以向当地农业行政主管部门或相关执法机构投诉，要求处理侵权行为。
   • 执法机构在接到投诉后，会进行调查取证，确认侵权事实后，会依法对侵权人进行处罚，包括责令停止侵权行为、没收违法所得、罚款等。
   • 如果侵权行为严重，构成犯罪的，还会依法追究侵权人的刑事责任。

3. 法律建议：

   • 作为植物新品种权的权利人，应密切关注市场动态，及时发现并制止侵权行为。
   • 在处理侵权案件时，应保留好相关证据，如侵权产品的样本、销售记录、广告宣传资料等，以便在投诉或诉讼时提供有力支持。
   • 如果对侵权案件的处理流程或法律规定不熟悉，建议咨询专业律师或相关执法机构，以获取更准确的法律指导和帮助。

4. 持续关注法规更新：

   • 法律法规可能会随着时间和社会发展的需要而进行修订或废止。因此，建议权利人定期关注相关法律法规的更新情况，以确保自己的权益得到及时有效的保护。

如果您在农业植物新品种权侵权案件处理方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和解决方案。