植物新品种侵权的认定需综合考虑多方面因素，并遵循特定的处理流程。以下是对此问题的详细分析：
一. 植物新品种侵权的认定方法
侵权行为的界定：
- 根据《中华人民共和国植物新品种保护条例》的相关规定，未经品种权人许可，以商业目的生产、销售或许诺销售授权品种的繁殖材料，或者为商业目的将授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料等，均构成侵权行为。
侵权行为的判断标准：
- 直接侵权：直接使用了品种权人的繁殖材料进行生产、销售等活动。
- 间接侵权：虽然未直接使用，但提供了侵权繁殖材料的生产、销售等帮助，或诱导、教唆他人实施侵权行为。
- 相似性与实质性判定：通过对比被控侵权物与授权品种的特征、特性，判断两者是否构成实质性相似。这通常需要专业机构进行鉴定。
免责情形：
- 如使用授权品种进行育种及其他科研活动，或农民自繁自用授权品种的繁殖材料等，通常不被视为侵权。
二. 植物新品种侵权的处理流程
收集证据：
- 品种权人应首先收集侵权证据，包括侵权行为的记录、照片、视频等，以及可能的销售记录、交易凭证等。
协商与警告：
- 在确认侵权行为后，品种权人可以尝试与侵权方进行协商，要求其停止侵权行为并赔偿损失。也可以先向侵权方发出警告信，明确其侵权行为及可能面临的法律后果。
提起诉讼：
- 若协商无果，品种权人可以向人民法院提起侵权诉讼，请求法院判令侵权方停止侵权行为、赔偿损失等。
- 在诉讼过程中，品种权人需要提供充分的证据证明侵权行为的存在，以及因侵权行为所遭受的损失。
执行与监督：
- 若法院判定侵权成立，侵权方需按照判决来履行义务。品种权人可以申请法院强制执行，以确保判决得到履行。
- 同时，相关部门也会对侵权行为进行监督，防止类似侵权行为再次发生。
我建议品种权人在发现侵权行为时，应及时采取措施保护自己的合法权益。同时，也要加强对植物新品种的保护意识，提高侵权行为的识别能力。如有进一步需要，您可以继续咨询我。