企业不能仅依据保密协议约定直接要求员工支付违约金，除非保密协议中同时包含了竞业限制条款且员工违反了该条款。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与原则
《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条：
- 该条款明确，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
- 对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。
- 劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
《中华人民共和国劳动合同法》第二十五条：
- 该条款规定，除本法第二十二条（服务期）和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
- 这意味着，除了服务期和竞业限制这两种情况外，用人单位不得与其他内容（如单纯的保密义务）约定违约金。
二、可以约定违约金的情形及条件
竞业限制条款中的违约金：
- 如果保密协议中包含了竞业限制条款，并且员工违反了该条款，那么企业可以依据保密协议的约定要求员工支付违约金。
- 竞业限制不仅涉及保密义务，还限制了劳动者在离职后的就业选择，因此用人单位需要给予相应的经济补偿，并有权在劳动者违反竞业限制约定时要求其支付违约金。
单纯的保密义务与违约金：
- 对于单纯的保密义务，法律并未直接允许用人单位与劳动者约定违约金。
- 如果保密协议仅泛泛约定了保密义务，而未具体明确商业秘密的范围、内容等关键信息，且未包含竞业限制条款，那么企业不能直接要求员工支付违约金。
三、司法实践中的认定
- 法院在审理此类案件时，会综合考虑保密协议的具体内容、违约金的数额是否合理、用人单位是否采取了合理的保密措施以及劳动者的过错程度等因素。
- 如果保密协议中详细列明了商业秘密的范围、内容、保护措施以及劳动者的具体保密义务，并且违约金数额合理、与可能造成的损失相适应，同时包含了竞业限制条款且员工违反了该条款，那么这样的违约金约定在实践中更有可能被法院认可。
四、建议与注意事项
明确保密范围和内容：
- 保密协议应明确界定商业秘密的范围和内容，避免使用模糊或笼统的语言。
合理确定违约金数额：
- 违约金的数额应与可能造成的损失相适应，既不应过高也不应过低。
考虑包含竞业限制条款：
- 如果企业希望员工在离职后承担保密义务，并愿意为此支付经济补偿，可以考虑在保密协议中包含竞业限制条款。
完善保密制度和措施：
- 企业应建立完善的保密制度和措施，加强对商业秘密的保护和管理。
总结来说，企业不能仅依据保密协议中关于保密义务的约定直接要求员工支付违约金。如果企业希望员工在离职后承担保密义务并愿意支付经济补偿，可以考虑在保密协议中包含竞业限制条款。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。