保密协议中约定如果有询问公司秘密的行为属于违约并需要支付违约金，这样的条款在符合一定条件下是具有法律效力的。以下从多个角度进行分析：

法律效力基础

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议。只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，合同就是有效的。保密协议作为合同的一种，其条款的设定也遵循这一原则。

2. 保密义务：员工在任职期间及离职后，对知悉的公司商业秘密负有保密义务。这是基于诚实信用原则和劳动合同关系而产生的法定义务。保密协议中的违约金条款，可以视为对这一法定义务的补充和强化。

违约金条款的有效性条件

1. 合理性：违约金条款的设定应当合理，不能过高或过低。如果违约金过高，可能被视为对员工的过度惩罚，法院或仲裁机构有权根据实际情况进行调整。反之，如果违约金过低，则可能无法起到足够的威慑作用。

2. 明确性：保密协议中应当明确界定“公司秘密”的范围，以及“询问公司秘密”的具体行为表现。这样，当发生争议时，才能准确判断员工的行为是否构成违约。

3. 双方协商一致：保密协议及其中的违约金条款应当是双方协商一致的结果，不能是单方面强加给员工的。员工在签署保密协议时，应当充分了解协议内容，并自愿接受其中的条款约束。

法律后果

1. 违约责任：如果员工违反了保密协议中的约定，询问了公司秘密，那么根据协议条款，员工需要承担违约责任，包括支付违约金等。

2. 损害赔偿：除了支付违约金外，如果员工的违约行为给公司造成了实际损失，公司还有权要求员工承担损害赔偿责任。

实际操作建议

1. 完善保密协议：公司在制定保密协议时，应当明确、具体地界定公司秘密的范围和保密义务的内容，以及违约金的数额和支付方式等。同时，要确保协议内容合法、合理，不违反法律法规的强制性规定。

2. 加强员工培训：公司应当加强对员工的保密教育，提高员工的保密意识。让员工充分了解保密协议的内容和意义，以及违反协议可能面临的法律后果。

3. 及时处理违约行为：一旦发现员工有违反保密协议的行为，公司应当及时采取措施进行处理。包括收集证据、与员工沟通协商、提起诉讼或申请仲裁等。

总结来说，保密协议中约定询问公司秘密需支付违约金的条款，在符合合理性、明确性和双方协商一致等条件下是具有法律效力的。公司在制定和执行保密协议时，应当注重协议内容的合法性和合理性，加强员工培训，及时处理违约行为，以维护公司的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。