结论：购买投资金后消费者物流拒收，商家扣百分之三的费用是否合法，需根据具体情况判断，包括合同约定、商家规定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
若合同中有明确约定：
- 如果消费者在购买投资金时，与商家签订的合同中明确规定了，在消费者拒收货物的情况下，商家有权扣除一定比例（如百分之三）的费用作为违约金或损失赔偿，那么商家的这一行为在合同层面是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，或者约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
若合同中无明确约定：
- 如果合同中没有明确规定消费者拒收货物时商家可以扣除的费用比例，那么商家单方面扣除百分之三的费用可能缺乏合同依据，消费者有权对此提出异议。
二、商家规定角度
商家有合理规定且已告知消费者：
- 如果商家在销售投资金时，有明确的拒收货物处理规定，并且这一规定在消费者购买前已经以合理方式（如网站公告、商品详情页说明等）告知了消费者，消费者在购买时也未提出异议，那么商家在消费者拒收货物时按照规定扣除一定比例的费用，可能被视为合法。
- 注意点：商家的规定必须合理，不能显失公平或违反法律法规的强制性规定。同时，商家需要证明已经以合理方式告知了消费者相关规定。
商家无合理规定或未告知消费者：
- 如果商家没有合理的拒收货物处理规定，或者虽然有规定但未以合理方式告知消费者，那么商家在消费者拒收货物时扣除费用可能缺乏合法依据。
三、法律法规角度
消费者权益保护：
- 根据《中华人民共和国消费者权益保护法》的相关规定，消费者在购买商品时享有知情权、选择权、公平交易权等权利。商家在扣除费用时，需要确保不侵犯消费者的这些合法权益。
- 分析：如果商家扣除的费用比例过高，或者扣除费用的理由不充分，可能构成对消费者公平交易权的侵犯。
违约金合理性：
- 即使合同中有约定违约金或损失赔偿额的计算方法，商家扣除的费用也需要合理。如果扣除的费用明显高于商家因消费者拒收货物而遭受的实际损失，那么消费者有权要求商家减少扣除的费用。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
四、建议与行动
消费者应：
- 在购买投资金前，仔细阅读合同条款和商家的相关规定，确保自己了解并同意其中的内容。
- 如果对合同条款或商家规定有疑问，及时向商家咨询并要求解释。
- 在拒收货物前，考虑清楚可能产生的后果，并与商家进行沟通协商。
商家应：
- 制定合理、明确的拒收货物处理规定，并以合理方式告知消费者。
- 在扣除费用时，确保扣除的费用比例合理，且不超过因消费者拒收货物而遭受的实际损失。
- 与消费者进行沟通协商，尽量达成双方都能接受的解决方案。
总结：购买投资金后消费者物流拒收，商家扣百分之三的费用是否合法，需根据合同约定、商家规定以及相关法律法规的规定进行综合判断。如果消费者对此有疑问或认为商家的行为侵犯了自己的合法权益，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。