结论：商家因单货品拒签而扣除2%手续费的行为是否合法，需根据具体情况判断，包括合同约定、商家是否尽到通知义务、手续费是否合理等。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
若合同中有明确约定：如果租赁合同或相关交易协议中明确规定了，在特定情况下（如拒签）商家可以扣除一定比例的手续费，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么商家的行为可能是合法的。此时，应重点审查合同条款的具体内容，包括手续费的计算方式、扣除条件等。
若合同中无明确约定：如果合同中没有明确规定商家可以因拒签而扣除手续费，那么商家的行为可能缺乏合同依据，从而构成违约或不当得利。在此情况下，您有权要求商家返还被扣除的手续费。
二、商家通知义务角度
商家尽到通知义务：如果商家在拒签前已经通过合理方式（如电话、短信、邮件等）通知了您，并说明了拒签的原因及可能产生的后果（包括扣除手续费），且您对此表示了同意或未提出异议，那么商家的行为可能被视为合法。
商家未尽到通知义务：如果商家在拒签前未履行通知义务，或者通知方式不合理导致您未能及时知晓，那么商家的行为可能构成违约。在此情况下，您有权要求商家承担违约责任，包括返还被扣除的手续费。
三、手续费合理性角度
手续费合理：如果商家扣除的手续费金额合理，且与其提供的服务（如处理拒签事宜、承担相关风险等）相匹配，那么该行为可能被视为合法。此时，应重点审查手续费的计算方式是否合理，以及是否与市场行情相符。
手续费不合理：如果商家扣除的手续费金额过高，或者与其提供的服务不匹配，那么该行为可能构成显失公平或不当得利。在此情况下，您有权要求商家返还多扣除的手续费，并可能要求商家承担其他法律责任。
四、法律建议
审查合同条款：首先，建议您仔细审查租赁合同或相关交易协议中的条款，特别是关于手续费扣除的部分。如果合同中有明确约定，且您认为该约定合理且合法，那么您可以考虑接受商家的行为。
与商家协商：如果合同中没有明确约定或您认为商家的行为不合理，建议您与商家进行协商，要求商家返还被扣除的手续费或提供其他合理的解决方案。
寻求法律援助：如果协商无果，您可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师（即我，谭正德律师，专注于刑事辩护、合同纠纷领域），以了解您的法律权益和可能的维权途径。
在处理此类纠纷时，请务必保留好相关证据（如合同、通知记录、交易凭证等），以便在需要时提供证明。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。