结论：关于“第二次签合同变更主体，第三次签合同不续签是否有效”的问题，这主要取决于合同变更及不续签的具体情形和法律规定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合同变更主体的法律效力
合同变更的合法性：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同变更需经双方当事人协商一致，并采用书面形式（除非法律另有规定或当事人另有约定）。若第二次签合同时变更了合同主体，且该变更符合法律规定的程序和要求，那么该变更通常是有效的。
变更后的合同主体权利义务：
- 合同主体变更后，原合同中的权利义务将由新的合同主体承继。这意味着，第三次签合同时，实际上是与新的合同主体进行协商和签订。
二、第三次签合同不续签的法律效力
不续签的合法性：
- 合同到期后，双方当事人有权选择是否续签。若一方决定不续签，且该决定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该决定通常是有效的。
不续签可能产生的法律后果：
- 合同终止：不续签意味着原合同到期后自动终止，双方当事人之间的权利义务关系也随之消灭。
- 经济补偿：在某些情况下，如劳动合同中，若因用人单位原因不续签，用人单位可能需要向劳动者支付经济补偿。但这并非绝对，需根据具体法律规定和合同约定来判断。
- 违约责任：若不续签的决定违反了合同约定或法律规定，如无正当理由拒绝续签且给对方造成损失，那么违约方可能需要承担违约责任。
三、具体情形分析
若第二次合同变更主体合法有效：
- 第三次签合同时，实际上是与新的合同主体进行协商。若新主体决定不续签，且该决定合法合规，那么不续签是有效的。
若第二次合同变更主体存在瑕疵：
- 如变更程序不符合法律规定、未采用书面形式等，那么该变更可能无效或可撤销。在此情况下，第三次签合同时，可能仍视为与原合同主体进行协商。若原合同主体决定不续签，同样需根据具体情况判断其法律效力。
特殊合同类型（如劳动合同）的考虑：
- 在劳动合同中，合同变更和不续签可能受到更严格的法律限制。例如，用人单位在变更劳动合同主体（如通过劳务派遣等方式）时，需遵守相关法律法规的规定，确保劳动者的合法权益不受侵害。同样，在决定不续签劳动合同时，用人单位也需考虑是否需要支付经济补偿等法律责任。
四、建议
审查合同变更程序：
- 确保第二次合同变更主体时，已遵守相关法律法规的规定，并采用了书面形式进行确认。
明确不续签的原因和依据：
- 在决定不续签第三次合同时，应明确原因和依据，确保该决定合法合规。
咨询专业律师（此处在优化中省略，因已明确告知用户可直接咨询我）：
- 若对合同变更或不续签的法律效力存在疑问，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更准确的法律意见。
总结：第二次签合同变更主体后，第三次签合同不续签是否有效，需根据合同变更的合法性、不续签的原因和依据以及具体合同类型等因素进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。