关于建设项目环保竣工后3年是否会被认定为重大变动的问题，结论前置如下：
重大变动的认定并非单纯以时间（如竣工后3年）为标准，而是取决于建设项目的性质、规模、地点、生产工艺和环境保护措施等因素是否发生变动，且这些变动是否导致环境影响显著变化（特别是不利环境影响加重）。
若建设项目在竣工后3年内未发生上述重大变动因素，则通常不会被认定为重大变动。但需注意，即使时间超过3年，若项目发生了符合重大变动定义的变动，仍可能被认定为重大变动。
详细解释与法律背景：
重大变动的定义与判定：
- 重大变动是指建设项目的性质、规模、地点、生产工艺和环境保护措施等因素中的一项或多项发生变动，且这些变动导致环境影响显著变化，特别是不利环境影响加重。
- 污染影响类建设项目应对照《污染影响类建设项目重大变动清单（试行）》来判定是否构成重大变动；生态影响类建设项目则可能参照相应的生态影响类重大变动清单。
时间因素在重大变动认定中的作用：
- 时间本身并不是判定重大变动的直接因素。无论项目竣工后多久，只要未发生符合重大变动定义的变动，就不会被认定为重大变动。
- 然而，随着时间的推移，项目可能因技术更新、设备老化、环境标准变化等原因而需要进行调整或改造，这些调整或改造若符合重大变动的定义，则可能被认定为重大变动。
不属于重大变动的管理方式：
- 若建设项目的变动不属于重大变动，则这些变动应被纳入竣工环境保护验收管理中。建设单位在项目竣工后进行环境保护验收时，需对这些变动进行详细说明和分析，确保项目仍符合环保法规和标准。
- 此外，即使项目未发生重大变动，但若累积环境影响逐渐显现、环境保护措施的有效性需要重新评估或环境标准、政策发生变化，也可能需要进行环境影响后评价，以全面评估和管理项目的环境影响。
法律建议与可能后果：
对于建设单位而言：
- 应密切关注建设项目的变动情况，及时评估是否构成重大变动。
- 若发生重大变动，应依法重新报批环境影响评价文件，确保项目合法合规运营。
- 若未发生重大变动，但存在累积环境影响、环保措施有效性变化或环境标准政策调整等情形，应考虑进行环境影响后评价，以全面评估和管理环境影响。
若未依法进行重大变动认定或环境影响后评价：
- 可能面临环保部门的处罚，包括罚款、责令整改等。
- 可能对项目的合法合规运营产生不利影响，甚至导致项目停产整顿等严重后果。
总结与进一步思考：
建设项目环保竣工后3年是否会被认定为重大变动，并非单纯取决于时间因素，而是取决于项目是否发生了符合重大变动定义的变动。因此，建设单位应密切关注项目的变动情况，及时评估并依法进行管理。若您在建设项目环保方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。