结论：当不动产登记的权属来源合同被确认无效时，该登记通常是可以撤销的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
合同效力与物权登记独立性：
- 根据《中华人民共和国民法典》第二百一十五条，合同效力与物权登记效力是相互独立的。即，合同被确认无效，并不影响合同成立时的事实状态，但基于无效合同完成的不动产登记将失去合法性基础。
无效合同的法律后果：
- 《民法典》第一百五十五条规定，无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。这意味着，一旦合同被确认无效，其自始不产生法律效力。
- 《民法典》第一百五十七条进一步规定，民事法律行为无效后，行为人因该行为取得的财产应当予以返还。在不动产登记的语境下，这通常意味着基于无效合同完成的不动产登记应当被撤销，以恢复至合同成立前的状态。
二、实务操作流程
提出申请：
- 利害关系人（如合同当事人、不动产真正权利人）需向不动产登记机构提出撤销登记的申请，并提交证明合同无效的法律文书（如法院生效判决书、仲裁裁决书）等相关材料。
审核与决定：
- 不动产登记机构收到申请后，将对提交的材料进行审核，核实合同无效的事实及与不动产登记的关联性。
- 如材料齐全、事实清楚且符合撤销条件，不动产登记机构将依法作出撤销不动产登记的决定，并更新不动产登记簿的记载。
特殊情况处理：
- 善意第三人保护：若不动产已被转让给善意第三人并完成登记，为保护交易安全和善意第三人的合法权益，可能无法直接撤销登记。此时，原买受人需通过折价补偿等方式赔偿原出卖人。
- 行政程序复杂性：撤销不动产登记涉及行政程序，需遵循一定期限、步骤和方式，不同地区可能存在差异。因此，在处理过程中需特别注意行政程序的复杂性。
三、可能遇到的法律问题及建议
合同无效的认定：
- 合同无效的认定通常需要法院或仲裁机构的裁决。因此，在提出撤销不动产登记申请前，应确保合同无效的事实已经得到法律文书的确认。
善意第三人的权益保护：
- 在处理涉及善意第三人的不动产登记撤销问题时，应充分考虑其合法权益。如无法直接撤销登记，可通过协商、诉讼等方式解决纠纷，并确保原买受人的赔偿责任得到落实。
行政程序的遵循：
- 在撤销不动产登记过程中，应严格遵循行政程序的要求，确保申请材料的齐全、真实和合法性。同时，应关注不同地区可能存在的行政程序差异，以确保撤销登记的合法性和有效性。
总结与建议：当不动产登记的权属来源合同被确认无效时，相关不动产登记通常是可以撤销的。但在处理过程中，需特别注意合同无效的认定、善意第三人的权益保护和行政程序的复杂性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。